Dalam sejarah berdirinya PMII tidak lepas dari pergolakan politik yang terjadi di era 50-an, dimana beberapa penyebabnya adalah ketidaknyamanan kader-kader PMII dipengurusan HMI, karena di organisasni tersebut pada saat itu meminggirkan mahasiswa-mahasiswa yang berlatar belakang Nahdliyin. Disitulah menjadi penyebab mahasiswa-mahasiswa NU menginginkan mendirikan organisasi yang berkultur Nahdlatul Ulama, lalu juga kegelisahan pengurus IPNU (Ikatan Pelajar Nahdlatul Ulama) yang berada di departemen kemahasiswaan yang ingin membentuk organisasi kemahasiswaan NU, karena IPNU adalah organisasi pelajar, bukan kemahasiswaan.
