Pemerintah presiden Abdurrahman Wahid (Gus Dur) memberikan perhatian dengan mengembalikan nama Papua dari nama Irian Jaya serta menampung usulan Otonomi Khusus.
Terobosan politik itu didahului Sidang Tahunan Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia tahun 2000 yang menghasilkan ketetapan (TAP) MPR RI nomor IV/MPR/2000 tentang rekomendasi kebijakan dalam penyelenggaraan Otonomi Khusus.
Dalam TAP itu disebutkan keberadaan UU Otsus bagi daerah Istimewa Aceh dan Irian Jaya sesuai dengan TAP MPR IV/MPR/1999 tentang Garis-Garis Besar Haluan Negara (GBHN) tahun 1999-2004 agar dikeluarkan selambat-lambatnya pada 1 Mei 2001.
Menindaklanjuti amanat kedua TAP MPR tersebut, DPR RI pada tanggal 22 Oktober 2001 menyetujui dan menetapkan UU nomor 21 tahun 2001 tentang Otsus Provinsi Papua. Presiden RI dengan kewenangan yang dimiliki  pada 21 November 2001 telah mengesahkan UU nomor 21/2001 itu dan dimuat dalam lembaran negara RI tahun 2001 nomor 135 dan tambahan lembaran negara tahun 2001 nomor 4151.
Harapan besar dari kebijakan Otsus itu untuk mensejahterakan warga Papua. Namun, bagi Ketua Badan Kehormatan Dewan Perwakilan Daerah Republik Indonesia (DPD RI) Mervin Sadipun Komber menyebut sejatinya kebijakan Undang-undang Otonomi Khusus itu yang mengatur dan memiliki kewenangan adalah seorang Gubernur.
"Tapi kewenangan-kewenangan ini yang kadang ditahan oleh pusat. Jadi di Papua itu selalu kita bilang bahwa Jakarta pegang kepala, kita hanya di ekornya saja," tutur Mervin.
