ISL dianggap memiliki begitu banyak kesalahan oleh PSSI, dimana ISL yang menolak untuk bergabung dengan PSSI, semenjak akan di gulirkannya kompetisi liga di indonesia dengan jumlah klub 24 peserta liga, yang awalnya hanya 18 klub peserta liga. ISL menolak tambahan 6 klub yang menurut PSSI sudah memenuhi standar klub propesional tetapi  di anggab oleh pengurus klub-klub  yang sudah lama mengikuti ISL tidak fair, karena 6 klub tersebut tidak melewati  tahap mengikuti liga seperti mereka dan menganggab 6 klub tersebut adalah klub amatir yang levelnya di bawah mereka, mestinya masuk ke liga amatir, sehingga mereka menolak dan lebih memilih menggulirkan liga sendiri. Mereka keberatan setingkat dalam liga Profesional tetapi bermain dengan 6 klub level liga amatir. Tetapi mereka tidak mengetahui kriteria liga profesional dan klub profesional sebenarnya.
Klub-klub  ISL juga dinilai telah menggunakan dana APBD yang jelas-jelas tidak di perkenankan untuk mengikuti liga profesional karena dalam setatua PSSI seluruh elemen liga atau klub tidak diperkenankan menggunakan dana APBD untuk menjadi klub dan liga profesional.  Contoh Sarat-sarat liga dan klub profesional bisa dilihat di sini . ISL/PT LI juga tidak menerima tawaran untuk diaudit keuangannya oleh PSSI yang samapai sekarang tidak pernah terealisai hingga detik ini. Klub-klub ISL yang telah menggulirkan liga sendiri lebih menginduk pada KPSI yang notabenya tidak jelas statusnya dan mereka ISL lebih mengikuti keinginan dari KPSI.
