Perlu diketahui bahwa tim manajemen MAN 3 Bantul beranggotakan enam orang. Keenam orang yang dimaksud yaitu kepala madrasah; Syamsul Huda, wakil kepala madrasah bidang kurikulum; Wahyudi, wakil kepala madrasah bidang kesiswaan; Munawwar Yasin, wakil kepala madrasah bidang sarana prasarana; Agus Sulistya, wakil kepala madrasah bidang hubungan masyarakat; Sumiyati, dan koordinator peningkatan dan penjaminan mutu madrasah; Samsul Anam.
Hasil pertemuan tim manajemen berbuah keputusan tentang tiga agenda besar awal semester genap tahun ajaran 2024/2025. Hasil pertemuan tim manajemen memutuskan hal-hal sebagai berikut, yaitu pembangunan Musala Raudhatul Jannah akan diresmikan oleh Kepala Kanwil Kemenag DIY pada Jumat (3/1), peringatan HAB ke-79 Kemenag akan menggelar upacara bendera di madrasah pada tanggal 3 Januari 2025, dan KBM semester genap tahun ajaran 2024/2025 akan resmi dimulai pada Senin, 6 Januari 2025.