Tidak terkecuali PMR MAN 3 Bantul selalu sigap dalam melayani siswa terkait kesehatan. Hal tersebut terbukti saat kegiatan rutin upacara bendera hari Senin, 18 November 2024. Siswa yang terindikasi sakit atau tidak kuat meneruskan upacara bendera, secara cepat PMR mengajak siswa tersebut ke ruang UKS untuk ditangani lebih lanjut. Di ruang UKS siswa yang sakit ditanyai mengenai keluhannya untuk kemudian diberikan obat sesuai indikasi dan dosis yang tepat.