Tidak dapat dipungkiri bahwa Islam sebagai teologi politik, telah memberi warna bagi keberagaman sejarah bangsa Indonesia. Awalnya pengaruh Islam di Indonesia hanya sebatas kepada para pedagang lokal dan penduduk pesisir yang berinteraksi dengan pedagang dari Arab, Iran, atau India. Lambat laun pengaruh tersebut merambat kepada kalangan bangsawan dan kerajaan. Maka bertumbuhlah kerajaan-kerajaan yang bercorak Islam, seperti Pasai di Aceh, Banten di Jawa Barat, Demak, Makassar, Raja Ampat. Hal yang unik adalah pengaruh Islam tidak serta merta menghilangkan budaya lama yang telah mengakar, seperti pada kerajaan Mataram Yogyakarta yang sangat mengkultuskan sang raja, sultan sebagai pemimpin agama, panatagama.