UNUSA didirikan oleh Yayasan Rumah Sakit Islam Surabaya (YARSIS). STIKES YARSIS yang ada di Surabaya ini dengan bekal pengalaman lebih dari 33 tahun dalam mengelola institusi pendidikan dan dorongan dari Muslimat NU, PC NU Surabaya, PW NU dan PB NU, maka sejak tahun 2012 mulai diajukan proses legalitas peralihan bentuk institusi ke DIKTI menjadi Universitas. Sebuah lompatan besar namun terarah dari proses yang panjang tersebut, akhirnya pada tahun 2013 terbentuklah Universitas Nahdlatul Ulama Surabaya (UNUSA).
Untuk memfasilitasi 17 program studi yang saat ini telah dibuka, UNUSA telah memiliki 2 kampus dengan fasilitas lengkap dan modern. Ditunjang laboratorium yang lengkap untuk tiap program studi, memiliki 3 rumah  sakit sendiri (RS. Islam Surabaya A. Yani, RS. Islam Surabaya Jemursari dan RSIA Nyai Ageng Pinatih Gresik).  Mempunyai laboratorium Studio Audio Visual untuk praktik micro teaching bagi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, serta berbagai sarana prasarana penunjang proses belajar mengajar lainnya.
Meskipun diunusa adalah tergolong kampus ISLAM tetapi mahasiswa disana tidak hanya beragama muslim saja, dan dikampus tersebut nonmuslim merasa nyaman dan tidak merasa di bedakan karena memang unusa sendiri telah menerapkan ajaran islam dengan baik yaitu tidak membeda bedakan sesama saudara kita. Fasilitas disanapun sangat menunjang mahasiswa untuk melaksanakan berbagai macamkegiatan dan juga praktikum. Unusa juga memiliki banyak prestasi di berbagai bidang khusunya bidang kesehatan.
Fasilitas di unusa yaitu gedung A dan gedung B yang bertingkat 9. Ruang kelas yang dilengkapi dengan ac lcd dan juga meja dan kursi yang sangat nyaman. Tidak hanya itu fasilitas lain unusa yakni laboratorium laboratorium khusus yang sangat higenis dan juga bersih menunjang berbagai kegiatan penelitian mahasiswa unusa . Unusa juga dilengkapi kamar mandi dan wastafel disetiap lantainya. Unusa juga memiliki 2 perpustakaan yang ada dikampus A dan juga kampus B dan juga dilengkapi dengan E-library yang dapat diakses oleh mahasiswa unusa sendiri. Tidak hanya itu unusa juga dibekali fasilitas tabbagi mahasiswa guna menunjang studi yang dijalankan dengan teknologi canggih. Unusa sendiri sudah sangat banyak memfasilitasi mahasiswanya berbagai kegiatan dan juga perlombaan nasional dan juga internasional.