Diperlukan biaya awal yang relatif tinggi
Hanya mampu dilakukan oleh orang-orang tertentu, karena memerlukan keahlian khusus
Bibit hasil kultur jaringan memerlukan proses aklimatisasi, karena terbiasa dalam kondisi lembap dan aseptik.
Keuntungan Kultur Jaringan
Pengadaan bibit tidak tergantung musim
Bibit dapat diproduksi dalam jumlah banyak dengan waktu yang relatif lebih cepat  (dari satu mata tunas yang sudah respon dalam 1 tahun dapat dihasilkan minimal 10.000 planlet/bibit)
Bibit yang dihasilkan seragam
Bibit yang dihasilkan bebas penyakit (menggunakan organ tertentu)
Biaya pengangkutan bibit relatif lebih murah dan mudah
Dalam proses pembibitan bebas dari gangguan hama, penyakit, dan deraan lingkungan  lainnya
Dapat diperoleh sifat-sifat yang dikehendaki
