Film ini dibuka dengan adegan sekelompok orang yang digambarkan sebagai anggota PKI, melalui shoot lambang palu arit dan buku soal DN Aidit.
Sekelompok orang itu kemudian mengambil senjata seperti golok dan celurit untuk menyerang sejumlah orang yang tengah melakukan ibadah salat jemaah di masjid.
Dalang di balik rencana jahat itu adalah kelompok PKI yang merasa bahwa misi mereka tidak pernah sejalan dengan TNI Angkatan Darat.
Buntut dari hal itu tepatnya pada 30 September menuju 1 Oktober 1965, kelompok yang mengklaim sebagai anggota 'Gerakan 30 September' mulai melancarkan aksinya.
Dalam film G30SPKI diperlihatkan pada 30 September 1965, sekelompok tentara telah mengepung sebuah rumah di Jalan Hasanuddin 53, Kebayoran Baru, Jakarta Selatan.
Rumah itu dihuni oleh Brigadir Jenderal Donald Isaac Pandjaitan bersama keluarganya. Pandjaitan diminta untuk segera menemui Presiden Soekarno karena situasi darurat.
Pandjaitan juga sempat menuruti perintah para tentara PKI. Ia rela mengikuti perintah anak buah Untung yang ingin menculiknya.
D.I Pandjaitan meminta untuk berdoa terlebih dahulu. Karena terlalu lama, Pandjaitan ditembak sebelum diseret masuk ke dalam truk tentara PKI.
Kematian tragis Jenderal Pandjaitan disaksikan langsung oleh anak dan istrinya, karena insiden itu berlangsung di teras rumah mereka.
Tak hanya itu, film G30SPKI turut menceritakan bagaimana para PKI ini membuat rekayasa cerita hingga kronologi ketika mereka menculik para jenderal.
Saat akan diculik, Jenderal Abdul Harris Nasution sempat melarikan diri melompati tembok. Nahas, putrinya Ade Irma Suryani Nasution justru menjadi korban karena tertembak.
