Ada dua kasus yang menjerat AF, yang pertama adalah tindak pidana suap dan yang kedua adalah tindak pidana pencucian uang. Pada tindak pidana suap, AF didakwa menerima pemberian uang untuk LHI dari PT Indoguna Utama sebesar Rp. 1,3 milyard, dimana penangkapan dilakukan setelah uang Rp. 1 milyard diterima pada tanggal 29 Januari 2013, pukul 16:00. Yang Rp. 300 juta, Â diterima oleh AF dua minggu sebelumnya, yaitu pada tanggal 10 Januari 2013.
Kronologis penangkapan AF adalah sebagai berikut:
Tgl 29 Januari 2013, Kegiatan AF adalah sebagai berikut:
11:00 ke DPR RI dan bertemu dengan Anis Matta,
15:00 Keluar dari Gedung DPR RI dan menuju ke Kantor PT Indoguna
16:00 Tiba di Indoguna dan mengambil uang Rp. 1 milyard
17:00 Tiba di Le meridien dan menelpon Wiliam Mobil dan Interior Design
17:30 Menelpon ke LHI bahwa akan bertemu di PKS pukul 22:00
18:00 Felix dari Wiliam Mobil Tiba di Le Meridien
18:10 Â Bertemu dengan Maharani Suciono
20:00 Ilham Ramli dari Extra Design mengirim SMS bhw sudah tiba di Le Meridien
20:20 Ilham Ramli melihat AF ditangkap KPK
Ada kejanggalan dalam penangkapan itu, karena seharusnya KPK menangkap AF pada saat bertemu LHI sekitar pukul 22:00 di Markas Dakwah PKS, sehingga menjadi jelas bahwa uang tersebut ditujukan kepada Luthfi Hasan Ishaq. Jadi kenapa penangkapan dilakukan pada Pukul 20:20 ??
Tentu banyak spekulasi di sekitar fakta di atas, salah satunya adalah kekhawatiran KPK bahwa AF melakukan pembayaran dengan uang Rp. 1 milyard yang baru diterima dari PT Indoguna, karena pada faktanya  Felix dari William Mobil dan Ilham Ramli dari Extra Design sudah tiba. Felix membawa tagihan Rp. 200 juta dan Ilham membawa tagihan Rp. 485 juta.
Jika AF melakukan pembayaran sejumlah Rp. 685 juta kepada penagih-penagih itu, maka perkara ini tidak akan ada, karena uang itu nyata-nyata tidak akan nyampai ke LHI. Oleh karena itu, KPK tidak mau menunggu sampai Pukul 22:00, dan atas perintah Kuningan, Novel Baswedan kemudian melakukan penangkapan terhadap AF di Hotel Le Meridien. Perlu diingat bahwa SMS dari Ilham Ramli yang disadap oleh KPK dan mengatakan "Telah tiba di Le Meridien", menjadi pemicu penangkapan AF oleh KPK.