Sultan Agung berusaha merebutnya untuk memperkuat ekonomi Mataram dan mengendalikan arus perdagangan di wilayah tersebut. Di samping itu, Sultan Agung bertekad untuk mempertahankan kedaulatan Mataram dari pengaruh asing, terutama Eropa. Serangan terhadap Batavia adalah bagian dari upaya untuk menunjukkan kekuatan Mataram dan menolak dominasi VOC.
Dengan menguasai Batavia, Sultan Agung juga berniat mewujudkan visinya untuk menyatukan seluruh Pulau Jawa di bawah kekuasaan Mataram. VOC dianggap sebagai penghalang utama untuk mencapai tujuan ini, sehingga menghancurkan Batavia menjadi prioritas Mataram.
Kedua serangan besar pada 1628 dan 1629 ini gagal. Meski demikian, usaha Sultan Agung tersebut menunjukkan bukti perlawanan gigih terhadap kolonialisme dan dominasi asing di Nusantara.
Sebelum melakukan serangan ke Batavia pada tahun 1628 dan 1629, Sultan Agung dari Mataram lebih dulu melakukan serangkaian penaklukan, guna memperluas wilayah kekuasaannya di Pulau Jawa. Penaklukan-penaklukan  penting yang dilakukan oleh Sultan Agung di antaranya menaklukkan Pajang (1617-1618) yang sebelumnya adalah salah satu kerajaan besar di Jawa Tengah. Pajang merupakan sisa kerajaan Demak dan telah mengalami kemunduran setelah dipindahkannya pusat kekuasaan ke Mataram.
Lalu penaklukan Lasem (1619). Lasem, sebuah wilayah yang terletak di pesisir utara Jawa. Penaklukan Lasem ini penting bagi Sultan Agung untuk mengendalikan jalur perdagangan di sepanjang pesisir utara.
Disambung lagi Penaklukan Tuban (1620). Tuban adalah salah satu pelabuhan penting di pesisir utara Jawa Timur. Dengan menaklukkan Tuban, Sultan Agung memperluas pengaruhnya ke wilayah timur Jawa dan memperkuat kontrolnya atas perdagangan laut.
Pada saat hampir bersamaan dilakukan pula penaklukan Pasuruan (1620). Pasuruan memang hanya kerajaan kecil di Jawa Timur yang juga berhasil ditaklukkan oleh Sultan Agung. Akan tetapi, Pasuruan ini penting untuk memperkuat posisi Mataram di Jawa Timur.
Tahun 1622 Sultan Agung juga menaklukkan kerajaan Sukadana di barat daya Kalimantan, di antaranya guna memperoleh sumber besi untuk persenjataan Mataram. Sukadana waktu itu bisa dicapai dari Surabaya dalam waktu 10-15 hari jika angin dan cuaca baik.
Penaklukan Madura dilakukan Sultan Agung pada (1624). Madura adalah pulau yang terletak di sebelah timur laut Jawa. Sultan Agung mengirim pasukan untuk menaklukkan Madura demi mengendalikan kerajaan-kerajaan kecil di pulau tersebut. Penaklukan ini juga penting untuk memperkuat basis maritim Mataram.
Penaklukan Surabaya (1625). Surabaya merupakan salah satu kota besar dan pelabuhan utama di Jawa Timur. Penaklukan Surabaya adalah salah satu pencapaian militer terbesar Sultan Agung karena Surabaya sebelumnya merupakan salah satu kekuatan utama yang menentang kekuasaan Mataram. Setelah menaklukkan Surabaya, Sultan Agung semakin memperkuat dominasinya di seluruh Pulau Jawa.
Penaklukan-penaklukan ini menunjukkan ambisi besar Sultan Agung  menyatukan Pulau Jawa di bawah kekuasaan Mataram. Setelah berhasil menguasai sebagian besar wilayah Jawa, Sultan Agung mengarahkan perhatiannya ke Batavia, yang dianggap sebagai pusat kekuatan asing (VOC) di wilayah Nusantara. Penaklukan-penaklukan tersebut juga memberikan Sultan Agung kekuatan militer dan sumber daya yang cukup untuk melancarkan serangan besar-besaran ke Batavia.
