a. Tempat prokariotik dan eukariotik
Prokariota tidak memiliki nukleus dan organel lainnya, secara khusus, wadah yang terikat membran, sedangkan eukariota memiliki mereka. Bahkan, kata "eukariota" berarti "inti sejati." Pada eukariota, genom sel akan terletak pada nukleus. Transkripsi dengan demikian terjadi dalam inti, dan transkrip mRNA kemudian diekspor melalui pori-pori inti (pori-pori pada selubung nukleus) ke sitoplasma untuk diterjemahkan. Sebaliknya, transkripsi dan translasi pada prokariotik tidak spasial atau temporal terpisah.
b. Ribosom sel prokariotik dan eukariotik
Ribosom adalah lokasi terjemahan yang terdiri dari RNA dan protein yang mengikat mRNA sel dan tRNA. Prokariota memiliki ribosom 70S sedangkan eukariota memiliki ribosom 80S . "S" mengacu pada koefisien sedimentasi, sebuah ukuran seberapa besar partikel, massa dan bentuk. Sebuah ribosom 80S terdiri dari ribosom subunit 40S dan subunit 60S sementara 70S terdiri dari subunit 30S dan subunit 50S.
c. Badan inti
Sel prokariotik dan eukariotik, keduanya memiliki badan inti yang mengandung kromosom. Kromosom adalah helai bahan genetik yang terdiri dari asam deoksiribonukleat, atau DNA. Eukariota memiliki inti sejati, yang terdiri dari satu atau lebih pasang kromosom linear, dan dipisahkan dari bagian sel dengan membran inti. Nukleus juga berisi nukleolus, yang merupakan struktur yang merakit komponen yang diperlukan untuk sintesis protein. Sebaliknya, badan inti prokariotik, atau nukleoid, tidak memiliki membran inti. Ini berisi satu kromosom melingkar terdiri dari DNA, dan tidak memiliki nukleolus.
d. Struktur sel prokariotik dan eukariotik
Sel prokariotik dan eukariotik dikelilingi oleh membran plasma yang membuat sel menjadi utuh, dan mengatur perjalanan zat ke dalam dan keluar dari sel. Semua prokariota memiliki dinding sel yang kaku yang mengelilingi membran plasma. Beberapa eukariota seperti tanaman, alga dan jamur juga memiliki dinding sel. Lainnya, seperti hewan dan sel protista tidak memiliki dinding sel. Selain nukleus, sel eukariotik mengandung organel mikroskopis, termasuk ribosom, retikulum endoplasma, badan golgi, mitokondria dan berbagai jenis vesikel, yang masing-masing melakukan fungsi khusus. Beberapa eukariota juga memiliki kloroplas, di mana fotosintesis terjadi. Dengan pengecualian dari ribosom, prokariota tidak memiliki organel. Karena kesederhanaan mereka, prokariota jauh lebih kecil daripada eukariota. Hal ini memungkinkan nutrisi untuk cepat mencapai setiap bagian dari interior sel.
e. Fungsi hidup
Semua sel mereplikasi melalui proses yang disebut pembelahan sel. Prokariota membagi melalui pembelahan biner, di mana satu sel terbagi menjadi dua bagian yang hampir sama. Pembelahan sel eukariotik membutuhkan mitosis, yang merupakan proses yang kompleks yang melibatkan duplikasi kromosom dalam nukleus. Sel kelamin eukariotik seperti telur dan sperma, membagi dengan proses yang sama dengan mitosis, yang disebut meiosis. Sel prokariotik mungkin atau mungkin tidak membutuhkan oksigen untuk melakukan fungsi mempertahankan hidup, sementara sel-sel eukariotik membutuhkan oksigen. Sel-sel dari kedua jenis dapat bergerak menggunakan proyeksi mirip rambut yang disebut silia atau flagela. Beberapa eukariota memiliki silia atau flagela. Beberapa prokariota memiliki flagela, tetapi semua dari mereka tidak memiliki silia.
Di dalam sel bakteri, salah satu prokariot, telah berlangsung reaksi-reaksi yang cukup rumit, bahkan tiga reaksi penting untuk memperoleh energi yaitu glikolisis, respirasi dan fotosintesis yang berlangsung pada eukariot juga dapat dilakukan sejumlah bakteri. Ketika sel purba baru terbentuk, reaksi metabolik yang rumit itu belum dapat dilakukan sel, atau lebih tepatnya sel belum memerlukan, karena sel dapat mengambil molekul-molekul yang diperlukan langsung dari lingkungan yang pada masa itu memang kaya bahan organik. Akan tetapi lama-kelamaan bahan organik di lingkungan semakin berkurang. Sebagian sel mulai membentuk enzim-enzim agar dapat membentuk sendiri molekul-molekul organik. Sejalan dengan bertambahnya waktu, enzim-enzim di dalam sel semakin beragam jenisnya sehingga reaksi-reaksi metabolik di dalam sel juga semakin kompleks.