Otonomi daerah sebenarnya merupakan suatu hal yang positif dimana bertujuan memberikan kesempatan bagi pemerintah daerah untuk mengelola daerahnya masing-masing dengan membuat kebijakan-kebijakan baru tanpa harus tergantung lagi pada pemerintah pusat.
Namun, otonomi daerah yang sudah dijalankan sejak lama itu belum juga memberikan dampak nyata, khususnya bagi daerah. Banyak terjadi diskriminasi dalam hal alokasi baik alokasi sumber daya manusia maupun alokasi pembangunan.
Alokasi pembangunan yang seharusnya memberikan kesejahteraan malah menimbulkan diskriminasi antara pusat dan daerah. Hal ini dapat terjadi karena dalam alokasi pembangunan anggaran pembangunan hanya diberikan pada tingkat ibukota daerah saja dan dana tersebut disalah gunakan oleh pejabat-pejabat yang ada ditingkat ibukota daerah sehingga pembangunan tidak sampai pada daerah-daerah pelosok. Oleh karena itu  di daerah pelosok masyarakatnya hidup denganinfrastuktur yang serba kekurangan.
Dapat dikatakan wajar jika suatu daerah dengan infrasturktur yang terbatas atau kekurangan itu merupakan daerah dengan sumber daya alam yang rendah. Namun hal ini malah terjadi pada daerah dengan potensi sumber daya alam yang tinggi misalnya Papua, provinsi Papua memiliki sumber daya alam yang sangat melimpah namun hal itu belum bisa menyejahterakan masyarakat Papua sendiri, bahkan di Papua tingkat kemiskinan masih tinggi, pendidikan rendah, dan layanan kesehatan belum memadai.
Hal-hal tersebutlah yang menyebabkan kecemburuan daerah terhadap pusat. Daerah merasa kurang diperhatikan oleh pemerintah. Dari kecemburuan tersebut memunculkan usaha-usaha dari daerah untuk memperoleh keadilan, namun hal tersebut tidak ada hasilnya. Ketidakberhasilan usaha untuk memperoleh keadilan itu memunculkan keinginan masyarakat daerah untuk memisahkan diri dari negara Kesatuan Republik Indonesia khususnya daerah yang berada di wilayah perbatasan dengan negara tetangga.
Kecemburuan daerah terhadap pusat tersebut harus segera diatasi karena apabila terjadi secara terus menerus dapat mengancam integrasi negara kesatuan republik Indonesia sendiri. Salah satu hal yang dapat dilakukan yaitu dengan mengubah cara atau metode dalam melaksanakan alokasi pembangunan.
