Di Madrid, Van Nistelrooy mendapat dua kali trofi La Liga, 2006-07 dan 2007-08. Trofi lainnya adalah Piala Super Spanyol 2008. RvN tampil sebanyak 96 kali dan membuat 64 gol di segala ajang.
Van Nistelrooy gagal memenuhi kontrak musim terakhir, karena pada Januari 2010, ia pindah ke klub Jerman, Hamburger SV, hingga Juni 2011. Meski hanya 18 bulan di klub itu, Van Nistelrooy sempat tampil sebanyak 44 kali dengan mencetak 17 gol.
Pada Juni 2011, Van Nistelrooy kembali ke Spanyol untuk bermain bersama Malaga, dengan status free transfer. Ketika itu, kepada Sport1, Van Nistelrooy menyatakan Malaga akan menjadi klub terakhir untuknya.
Itulah yang terjadi. Pada 14 Mei 2012, Van Nistelrooy mengumumkan gatung sepatu pada usia 35 tahun.
Kelar sebagai pemain, Van Nistelrooy mengambil jalur kepelatihan untuk karier berikutnya. Ia kembali ke klub yang membuat namanya dikenal, PSV Eindhoven.
Pada Juni 2013, Van Nistelrooy, bersama Andre Ooijer, Jonas Kolkka, dan Boudewijn Zenden, magang sebagai pelatih di PSV U-17. Lalu, pada Februari 2016, Van Nistelrooy ditunjuk sebagai pelatih striker untuk PSV U-17, U-19, dan tim cadangan.
Oh iya, sebelum menjadi pelatih striker di tim junior PSV, Van Nistelrooy setuju, pada Maret 2014, untuk menjadi asisten Guus Hiddink untuk tim nasional Belanda, sekelarnya Piala Dunia 2014.
Pada 25 Juni 2018, Van Nistelrooy menjadi pelatih baru PSV U-19, mengambil alih tugas Mark van Bommel yang terpilih menjadi pelatih tim senior.
Sekali lagi, pada Desember 2019, Van Nistelrooy terlibat di tim nasional Belanda. Kali ini, Van Nistelrooy rangkap tugas dengan menjadi asisten Ronald Koeman jelang Euro 2020. Van Nistelrooy menjadi asisten bersama kiper Maarten Stekelenburg.
Langkah berikut Van Nistelrooy, yaitu menjadi pelatih senior PSV, agaknya sudah diprediksi. Menggantikan pelatih Jerman, Roger Schmidt, Van Nistelrooy punya tugas berat: Membawa PSV menjadi juara Eredivisie.
Dua musim bersama Schmidt, PSV hanya bisa meraih Piala Belanda pada 2021-22 dan Piala Super Belanda atau Johan Cruijff Schaal 2021. Itu pun sudah lumayan, karena PSV absen menambah trofi sejak menjadi juara Eredivisie pada 2017-18. Sekarang, Schmidt menjadi pelatih di Benfica.