Sulfida menghambat metanogen dan dapat menurunkan produksi metana. Sumber gas H2S lainnya berasal dari transformasi biokimia. Selama proses AD, ketika terjadi degradasi senyawa belerang (S) dan desulfurisasi sulfat (SO42), H2S dihasilkan. Mikroorganisme membutuhkan SO42 karena tidak hanya diubah menjadi bahan seluler dengan enzim tetapi juga berperilaku seperti akseptor elektron saat bahan organik teroksidasi. Jika SO42 ada di dalam reaktor AD, H2S dihasilkan dari H2 dan SO42.Â
Bakteri pereduksi sulfat dan metanogen bersaing satu sama lain untuk mendapatkan H2 dalam reaktor AD. Dalam keadaan ini, bakteri pereduksi sulfat dapat mendominasi metanogen karena laju pertumbuhan mikroba yang lebih tinggi, permintaan H2 yang lebih tinggi, dan hasil energi yang lebih tinggi selama reduksi. Oleh karena itu, jika terdapat sulfat selama pencernaan anaerobik, bakteri pereduksi sulfat selalu menghasilkan H2S.
H2S adalah pengotor yang paling bermasalah dan umum dalam biogas mentah seperti yang ditunjukkan pada Tabel 3. Ini adalah gas tidak berwarna dengan bau telur busuk yang kuat yang muncul bahkan pada konsentrasi yang sangat rendah (0,05 hingga 500 ppm). Itu mudah terbakar.Â
Ketika dicampur dengan oksigen, itu membentuk campuran eksplosif. Pada pembakaran, bila bereaksi dengan air akan membentuk sulfur dioksida (SO2) yang merupakan bahan beracun dan menyebabkan gas buang tampak korosif akibat terbentuknya asam sulfat. Yang terakhir menyebabkan hujan asam mengendap yang berbahaya bagi lingkungan. Emisi udara dari SO2 terbatas di beberapa negara. H2S juga menghasilkan asam lemah ketika dilarutkan dalam air.Â
Pada suhu kamar, dapat menghasilkan sulfida logam melalui reaksi dengan oksida logam tertentu seperti oksida seng dan oksida besi. Itu juga dapat menghasilkan hidrosulfida atau logam sulfida melalui reaksi dengan alkali. Demikian pula, dapat menghasilkan sulfida dengan kelarutan rendah melalui reaksi dengan ion logam dalam bentuk cair kecuali logam alkali dan amonium. Untuk senyawa tembaga, jenis gas ini bersifat kaustik. Selain itu juga merusak banyak komponen mesin
 SILOKSAN
Siloksan adalah senyawa organik berdasarkan kombinasi dan pengulangan atom silikon dan oksigen yang dikelilingi oleh gugus metil. Biasanya mereka diklasifikasikan sebagai VOC karena terdegradasi menjadi volatile methyl siloxanes (VMS). Yang terakhir memiliki struktur linier atau siklik dan degradasinya membuat mereka menjadi spesies dengan berat molekul rendah
Siloksan sebagian besar ditambahkan ke produk konsumen perawatan kesehatan untuk meningkatkan pelumasan. Mereka digunakan dalam berbagai produk termasuk kosmetik, sampo, sabun, deterjen, dalam penggunaan industri sebagai prekursor dalam produk silikon polimer, cat, dll.Â
Sebagian besar senyawa ini dialirkan ke instalasi pengolahan air limbah (IPAL) setelah dibilas, di mana senyawa tersebut diserap oleh lumpur. Karena siloksan ini tahan terhadap degradasi biologis dan kimiawi dan memiliki kelarutan yang rendah, mereka terakumulasi di dalam lumpur, menjadikannya reservoir siloksan. Reservoir lain untuk siloksan adalah TPA, di mana sebagian besar residu produk yang mengandung siloksan dibuang .
Saat mengolah lumpur dengan proses pencernaan anaerobik atau limbah di tempat pembuangan akhir, siloksan hadir dalam biogas mentah sebagai pengotor. Oleh karena itu, jumlah siloksan dalam biogas yang dihasilkan dari digester yang menggunakan limbah makanan, sisa produk pertanian, atau kotoran hewan diperkirakan jauh lebih sedikit daripada yang dihasilkan oleh landfill atau digester yang mengolah lumpur.Â
Studi sebelumnya menunjukkan bahwa jumlah maksimum siloksan yang diharapkan dapat ditemukan dalam biogas yang dihasilkan dari tempat pembuangan sampah adalah dari 4 hingga 9 ppm, sementara persentase ini melebihi 41 ppm dalam biogas dari digester yang mengolah lumpur.