Pesantren ini sudah berdiri sejak tanggal 29 September 2005 tersebut berdiri atas inisiatif Abi Guru Isma Almatin Ps. Ps. Awal pertama kali berdiri, lembaga tersebut masih berupa bimbingan belajar yang terletak di Jalan Tamansiswa MG II/1268 Yogyakarta dengan nama Pondok Bimbingan Belajar Ainul Yakin.
Melalui proses yang cukup lama, pada tanggal 29 September 2012 konsep kurikulum dan pengelolaan Pondok Bimbingan Belajar Ainul Yakin dikembangkan oleh Abi Guru Isma hingga menjadi sebuah pesantren dengan nama Pondok Pesantren Penghafal al-Qur'an dan Special Children Therapys.Â
Seiring berjalannya waktu, Pesantren Ainul Yakin semakin mendapatkan kepercayaan masyarakat khususnya orang tua yang memiliki anak berkebutuhan khusus.Â
Hingga akhirnya pada bulan Agustus 2015, Abi Guru Isma Almatin beserta beberapa guru mengajak para orang tua wali murid dan beberapa tokoh masyarakat kota Yogyakarta untuk mendirikan Yayasan Indonesian Special Children Ainul Yakin.
Pada dasarnya, Pesantren Ainul Yakin merupakan pesantren inklusi yang fokus membimbing anak-anak dengan permasalahan inteligensi, emosi sosial, serta permasalahan fisik.Â
Dalam memudahkan proses pembelajarannya, Pesantren Ainul Yakin mengelompokkan keadaan anak-anak berkebutuhan khusus tersebut ke dalam tiga kelas, yakni kelas Serba Bantu, Arahan Bantu, serta kelas Mandiri.
Anak-anak yang masuk ke dalam kelas Serba Bantu merupakan anak-anak yang dalam kehidupan sehari-harinya, membutuhkan bantuan orang lain sebagai arahannya.Â
Kelas Serba Bantu berisikan anak-anak yang menderita penyakit autis, retardasi mental/tunagrahita, hyper-aktif, serta down-syndrom. Fokus yang diberikan terhadap anak-anak serba bantu adalah terapi penyembuhan dan kehidupan secara mandiri.Â
Sedangkan anak-anak yang masuk dalam kelas arahan bantu adalah anak-anak yang tetap memerlukan bantuan orang lain sebagai arahannya, namun sedikit dapat hidup lebih mandiri dibanding anak-anak serba bantu. Lain halnya dengan anak-anak yang tergolong dalam kelas mandiri.Â
Secara fisik, dapat dikatakan mereka adalah anak-anak normal. Namun secara sosial, anak-anak tersebut, separuhnya pernah melakukan kenakalan remaja. Selain terapi, kelas mandiri juga dibekali ilmu-ilmu al-Qur'an.
Ada beberapa prinsip pembentukan karakter mandiri di Pesantren Ainul Yakin, yaitu: (1) edukasi/pendidikan, (2) ekonomi, (3) guru adalah teman, (4) menciptakan lingkungan yang inklusif, dan (5) pendidikan disiplin.
