Toleransi merupakan isu yang sensitif di Indonesia, terutama dalam kurun waktu hampir dua tahun ini. Isu ini merupakan isu yang menjadi perhatian serius terlebih pasca reformasi. Konflik antaragama di banyak tempat bisa dikategorikan sebagai bencana nasional, karena membahayakan persatuan dan kesatuan nasional.
Konflik dalam kategori bencana nasional ini bukan hanya mengakibatkan korban materi tetapi juga, korban luka-luka dan korban meninggal dunia. Wajar saja jika konflik antaragama yang terus berlangsung hingga saat ini menjadi perhatian banyak pihak di negeri ini.
Toleransi yang awalnya menjadi modal sosial untuk terciptanya integrasi bangsa pada era reformasi kerap mengalami pasang surut. Akibatnya proses integrasi bangsa bukan hanya mengalami hambatan, tetapi kecurigaan antarkelompok semakin kuat, bahkan tidak jarang hanya gara-gara karena persoalan sepele, konflik antaragama bisa meletus.
Sepertinya intoleransi mulai banyak terjadi di berbagai wilayah Indonesia karena masyarakat sangat mudah terpengaruh akan berita yang tidak dapat dipertanggungjawabkan (hoax). Contohnya berita tentang masuknya Tenaga Kerja Asing (TKA) dari Republik Rakyat Tiongkok (RRT) yang kabarnya mencapai 10 hingga 20 juta TKA. Berita ini menghebohkan masyarakat saat itu karena titik permasalahannya adalah angka pengangguran masyarakat tinggi mencapai 7,02 juta pada tahun 2016 menurut redaksi Tirto.id. Meskipun pada akhirnya isu tersebut dibantah oleh Presiden Joko Widodo.
Kejadian tersebut sangatl berpengaruh terhadap toleransi antar etnis, dengan tersebarnya berita tersebut, sedikit banyak masyarakat pasti terpengaruh oleh berita hoax tersebut dan memendam kebencian kepada orang-orang maupun etnis china yang berada di indonesia sejak dulu. Selain itu Indonesia ternyata memiliki banyak permasalahan yang berkaitan dengan agama, yang mana pelanggaran akan kebebasan beragama dan berkeyakinan.
Contoh lainnya  adalah  kasus penistaan agama  oleh Gubernur DKI Jakarta saat itu Basuki Tjahja purnama (Ahok) yang berawal dari pidato Ahok di Kepulauan Seribu dalam menafsirkan QS: Al-Maidah 51, entah sengaja maupun tidak hal tersebut dianggap sebagai suatu penistaan agama oleh banyak kalangan, khususnya penistaan terhadap agama Islam. Kasus penistaan ini mendapatkan respon keras dari ormas ormas islam yang berupa aksi aksi bela islam yang berkelanjutan dan berjilid-jilid di jakarta .
Seharusnya respon semacam ini tidak usah terjadi karena telah melalui proses hukum yang menangani kasus penistaan agama ini, sehingga tidak berpotensi menaburkan kebencian dan berindikasi merusak toleransi antar umat beragama di Indonesia yang sudah di bangun sejak proklamasi Kemerdekaan lebih dalam ini. Seharusnya kita sebagai umat beragama harus berperilaku intelektual dan berpikir cerdas dalam kebhinekaan guna untuk menjaga kelangsungan hidup toleransi dalam bangsa ini.
Dalam buku Pergolakan Pemikiran Islam Ahmad Wahib mengemukakan penyebab intoleransi yang terjadi terutama di kalangan Umat Islam, diantaranya : pertama, pemahaman agama Islam secara formalistis dan legalistis. Wahyu Tuhan dipandang sebagai produk-produk hukum formal atau agama sehingga agama yang sesungguhnya spiritual atau rohaniah tertutupi. Dengan pendekatan ini akan dengan cepat dan mudah membawa orang pada kesimpulan akhir atau absolutisme yang membawa pada intoleransi.
Kedua, pemahaman agama Islam yang parsial. Di sini ayat-ayat Qur'an dan Hadits dilepaskan dari totalitas ajaran Islam sebagai pernyataan dan kehendak kasih Tuhan selain juga dilepaskan dari suasana yang mendukung maksudnya. Pemahaman seperti ini disebabkan karena dua hal, pertama tidak memahami secukupnya gejala-gejala kejiwaan manusia sebagai individu dan kedua para ulama Islam tidak memahami gejala-gejala yang terjadi dan berkembang karena peralatan ilmu tidak ada.
Dalam kutipan  Ahmad Wahib yang lain beliau mengemukakan, "toleransi beragama karenanya berarti menghormati manusia dan keseluruhan adanya, memandang kehidupan rohani orang lain sebagai hak pribadinya yang tidak dapat di ganggu gugat atau dikendalikan dari luar". Ahmad Wahib.
Selain itu ahmad wahib juga mengemukakan "ketajaman kritik kita terhadap umat berhubung  dengan general attitude-nya, jangan sampai menjerumuskan kita pada sikap apriori salah dalam mengahadapi suatu masalah, sebagaimana kita menjauhkan diri dari sikap apriori membenarkan mereka. Kita juga harus benar benar menjauhkan diri dari nilai ganda, nilai ganda yang memihak umat islam atau nilai ganda yang memihak bukan islam".
