Perseteruhan Menteri Perhubungan Ignatius Jonan dengan dua Operator Airlines Indonesia semakin tajam, tepatnya pada tanggal 19 Mei lalu saat Dirjen Perhubungan Udara mengumumkan pembekuan sementara dua Ground Handling yakni Milik Lion Air dan Air Asia. Hanya karena, dua operator di atas salah menurunkan penumpang International yang mestinya melalui kedatangan atau lewat Arrival Imigration.
Alhasil para penumpang tersebut ada yang lolos masuk ke Jakarta tanpa mendapatkan cap Passport Arrival atau bisa jadi, penumpang yang warga Indonesia dengan gampangnya melenggang pulang ke rumah tanpa mesti repot antri lewat meja Imigrasi.
Heboh atas lolosnya para penumpang di atas, karena terlanjur terekspos di media sosial, sehingga membuat gerah Menteri Perhubungan Ignatius Jonan, lalu melalui Dirjen Perhubungan Udara dengan serta merta mengambil keputusan sepihak membekukan izin operasi Ground Handling dua operators tersebut.
Tampak Kegelisahaan Menteri Perhubungan Ignatius Jonan yang berujung dengan mengeluarkan kebijakan terhadap pembekuan izin operasi dua Ground Handling tersebut, tidak melalui pertimbangan dan analisa, bahkan tidak berlandaskan pada legal standing. Sehingga berujung pada perlawanan oleh Lion Air.
Lion Air sebelum melakukan dengar pendapat dengan pihak komisi V di DPR Senayan, telah mengajukan Laporan Polisi di Kabareskrim Mabes Polri dan sebagai Terlapor adalah Menteri Perhubungan Ignatius Jonan c.q. Dirjen Perhubungan Udara, dengan dalih Dirjen Perhubungan Udara melakukan perbuatan melampaui kewenangannya.
Dengan entengnya Menteri Perhubungan Ignatius Jonan tanpa pertimbangan, dan lalu memutuskan, hingga menetapkan ke dua operator Air lion dan Air Asia bersalah. Dapat dilihat beberapa kebijakan Menteri Perhubungan, seperti "buka tutup" hingga menjadi perdebatan di antaranya:
- Sekitar bulan Desember 2015 tiba-tiba Menteri Perhubungan Ignatius Jonan menghentikan atau penghapusan transportasi Go jek untuk beroprasi di Jakarta dan sekitarnya;
  Menjelang sore harinya dihari yang sama, ketika Nadim Makarim sang founder Go jek di undang presiden Jokowi untuk menjelaskan efek dan keuntungan adanya Go jek. Keputusan Menteri Perhubungan Igantius Jonan dicabut atau di anulir dengan sendirinya;
- Nopember 2015 izin slot time jadwal Batik Air dibekukan oleh Menteri Perhubungan Igantius Jonan, setelah batik mengalami peristiwa overshoot saat landing di Bandara Adi Sucipto;
- Pada bulan April 2016, pemerintah melalui Menteri Perhubungan Igantius Jonan, membekukan izin oprasi PT Jasa Angkasa Semensta Tbk (Jas).
Dan masih terdapat sederet peristiwa pembekuan atau tindakan penutupan oleh Menteri Perhubungan Ignatius Jonan yang telah menjadi buah dari kebijakan yang sepihak, paginya Sang Menteri mengeluarkan kebijakan pelarangan operasioanal Go Jek, sore hari kebijakan harus ditarik kembali.