Manchester United adalah klub pertama yang ditukangi Fergie di luar Skotlandia dan menjadi puncak karier manajerialnya. Manajemen meresmikannya sebagai manajer mereka pada tahun 1986 menggantikan Ron Atkinson, yang dianggap tidak mampu memperbaiki posisi Manchester United di klasemen.
Ia datang ke klub dengan kondisi yang menyedihkan, pemain andalan mereka Norman Whiteside, Paul McGrath, dan Bryan Robson mempunyai hobi menenggak minuman keras dan mempunyai level kebugaran yang buruk. Fergie segera menggenjot level kebugaran pemainnya. Ia menerapkan disiplin ketat, seperti yang diterapkannya selama menukangi Aberdeen.
Walaupun Fergie menerapkan berbagai usaha untuk menaikkan level kebugaran dan level permainan, performa yang tidak stabil menjadi permasalahan utama skuadnya. Ia nyaris dipecat pada tahun 1989. Mungkin Fergie harus berterima kasih kepada Mark Robins karena gol semata wayangnya ke gawang Nottingham Forest pada ronde ketiga Piala FA, menyelamatkan kursi kepelatihannya di Manchester United.
Manajemen juga menaruh kepercayaan penuh terhadap Fergie kala itu. Lantas ia membayar kepercayaan manajemen dan fans dengan mengantarkan Manchester United mengoleksi trofi Liga Inggris terbanyak saat ini dengan raihan 20 trofi. Menjuarai Liga Champions pada tahun 1999 setelah menunggu penantian lama 31 tahun dan tahun 2008.
Total 38 trofi bergengsi sudah dibawa ke Old Trafford termasuk 5 Piala FA Cup, 4 Piala Liga, 2 Liga Champions, 1 UEFA Cup Winners' Cup, 1 UEFA Super Cup, 1 Intercontinental Cup, dan 1 Piala Dunia Antarklub. Termasuk treble unik pada musim 1998/1999.
Para pemain, termasuk yang masih aktif ataupun sudah pensiun masih menaruh respek yang luar biasa Fergie ketika menjadi pelatih. Bahkan beberapa dari mereka mengikuti jejaknya sebagai pelatih klub, seperti Eric Black, John Hewitt, Ryan Giggs, Ole Gunnar Solskjaer, Alex McLeish, Roy Keane, Paul Ince, Henning Berg, Mark Hughes, Steve Bruce dan masih banyak lagi.
Generasi terkenal di dunia sepak bola, Class of 92 hadir berkat perjudiannya dengan pelatih akademi Eric Harrison. Sebut saja Ryan Giggs, Paul Scholes, David Beckham, Gary & Phil Neville, dan Nicky Butt yang menjadi pilar utama dalam keberhasilan treble 1998/1999. Striker hebat Eric Cantona dan gelandang pekerja keras Roy Keane yang menjaga lini tengah Manchester United, keduanya memiliki sifat temperamental namun akan tunduk ketika berhadapan dengan Fergie.
Cantona dan Keane adalah dua pemain hebat selama ditangani Fergie namun sulit dikendalikan karena memiliki sifat bengal. Tak jarang keduanya sering mendapat masalah baik dalam dan luar lapangan.
Kejeliannya juga mencari pemain dalam diri Billy Stark, Tony Fitzpatrick, Peter Weir, Wayne Rooney, Nemanja Vidic, Ole Gunnar Solskjaer, Dwight Yorke, Andy Cole, Steve Bruce, Teddy Sheringham, Ruud van Nistelrooy, Cristiano Ronaldo dan masih banyak lagi, membuat Fergie menjadi pelatih yang memilih pemain berbakat namun harus memiliki kedisiplinan serta karakter yang kuat.
Cristiano Ronaldo, pemain sepak bola terbaik dunia saat ini, merupakan produk dari tangan dingin Fergie. Bibit lapar akan gelar, mental pejuang, berkemauan kuat, terus meningkatkan level permainan dan kedisiplinan yang tinggi telah ditanamkan Fergie pada Ronaldo. Dengan fisik yang masih tampak prima, Ronaldo sanggup untuk bersaing dengan pemain-pemain top dunia di periode emasnya masing-masing.
Akan tetapi Fergie juga sering terlibat konflik dengan para pemainnya. Amukannya terkenal dengan nama Hairdryer Treatment di mana ia akan berteriak di depan pemainnya sendiri ketika bermain buruk. Membuat rambut pemain seolah melayang-layang karena teriakan Fergie.
