Sultan Pajang memberi Ki Pamanahan bumi Mataram karena bisa membunuh Arya Penangsang. Makanya Ki Pamanahan, Panembahan Senopati, Ki Jurumartani dan orang-orang kampung Sela pindah ke Mataram. Tetapi tidak lama Ki Pamanahan meninggal, dan dimakamkan di Mataram.
Setelah kematian Ki Pamanahan, Panembahan Senopati menggantikan kedudukan Ki Pamanahan dan diangkat menjadi Bupati Mataram. Tapi selama satu tahun, Panembahan Senopati tidak boleh kembali ke Kerajaan Pajang.
Pada suatu malam terang bulan, ketika pagi menjelang. Ki Jurumartani melihat lintang besar yang cahayanya hijau dan sangat terang, menuju di atas tempat tidurnya Panembahan Senopati lalu hilang. Panembahan Senopati lalu terbangun mengetahui ada cahaya di atas tempat tidurnya, lalu cahaya hijau itu lenyap. Ki Jurumartani bertanya: ” kamu tadi melihat apa?”. Panembahan Senopati: “sepertinya saya melihat lintang panjer rina1, cahayanya sangat terang. Sepertinya saya mendapat wangsit untuk menjadi seorang raja”. Ki Jurumartani: ” Iya benar, itu tadi memang wangsit, tapi belum jelas maksudnya, kurang meyakinkan kalau cuma seperti itu tadi saja. Sebaiknya kamu pergi bertapa ke Laut Kidul (sebelah utara Desa Mancingan).
Panembahan Senopati lalu pergi ke timur menuju Kali Opak, terus menceburkan diri berenang mengikuti mengalirnya air menuju Laut Kidul. Di sana ada seekor ikan olor yang bernama Tunggul Wulung lalu memberikan pertolongan kepada Panembahan Senopati menuju Laut Kidul. Tapi Tunggul Wulung disuruh menyingkir. Sesampainya di Laut Kidul, Panembahan Senopati duduk di batu karang (Parangkusuma) kemudian bertapa. Karena khusuknya dalam bertapa Panembahan Senopati bisa membuat Laut Kidul tidak tentram. Air laut tiba-tiba meluap, angin berhembus kencang, ikan-ikan pun banyak yang mati.
Ratu kidul yang menjadi penguasa laut kidul mengetahui keadaan itu dan buru-buru melihat ke sekitar laut kidul, lalu Ratu kidul melihat ada seseorang yang sedang bertapa. Ratu kidul: “Ada keperluan apa, sehingga paduka bertapa, saya Ratu dari jin, setan dan semua makhluk halus di laut kidul bisa sampai kesini. Jika paduka mau bercerita mungkin bilamana terjadi perang pasti bisa memenangkannya. Saya juga siap ikut menjaga ketentraman kerajaan Mataram sampai turun-temurun. Silahkan singgah dahulu ke dalam Puri?”. Panembahan Senopati pun mengiyakan permintaan Ratu Kidul, lalu mereka berdua bergandengan berjalan menembus laut tidak basah sama sekali. Sesampainya di Puri, Panembahan Senopati terpukau dengan keadaan di dalam Puri dan juga terpikat akan kecantikan Sang Ayu Ratu Kidul. Sesudah itu Panembahan Senopati menjadi suami Ratu Kidul. Panembahan Senopati: “Yayi, jika mau, aku ingin kamu tinggal di Mataram saja, jangan kembali ke dalam samudra. Ratu Kidul: “Saya sudah jadi makhlus halus, tidak bisa hidup di dunia luar, kalau Nata menemukan kesulitan, saya akan datang caranya dengan menatap ke langit, membaca doa saba, kemudian menginjak bumi tiga kali. Saya pasti datang. Saya bantu kelestarian leluhur Nata.
Panembahan Senopati lalu pulang ke Mataram. Setibanya di Parangtritis, Kanjeng Sunan Kali datang, memberikan nasihat tentang memerintah di kerajaan, walaupun sudah mempunyai wibawa tidak boleh mempunyai sifat kikir dan sombong. Sesudah memberikan nasihat yang banyak, Kanjeng Sunan Kali ikut pulang ke Mataram.
**
Panembahan Senopati bersama Ki jurumartani menerima kabar dari Pangeran Benawa, bahwa Sultan Hadiwijaya meninggal. Besok paginya mayat Sultan Hadiwijaya dikuburkan di pemakaman Desa Butuh dengan penghormatan Upacara Keprabon.
Menjelang keberangkatan para priyagung2 kembali menuju Kota Pajang, Panembahan Senopati dan Ki Jurumartani menemui Pangeran Benawa untuk berpamitan. Panembahan Senopati: “Siapa saja yang mempunyai niat mau mengambil alih kekuasaan Almarhum Sultan Hadiwijaya, akan berurusan dengan saya. Dimas3 aku berpesan kepadamu bilamana di Pajangada yang membicarakan masalah itu, saya mau dimas memberitahu kepada kakang4″. Pangeran Benawa: “Iya kakangmas, saya siap melaksanakan perintah kakangmas”. Panembahas Senopati dan Pangeran Benawa saling mengikrarkan kesediaan mereka untuk siap saling membantu jika sewaktu-waktu mempunyai masalah.
Sepeninggalnya Sultan Hadiwijaya, yang menggantikan kedudukan jadi raja yaitu Pangeran Pangiri. Dari dulu Pangeran Pangiri dan Panembahan Senopati sudah bermusuhan dan tidak pernah cocok. Banyak rakyat dan punggawa Pajang yang tidak suka kalau Pangeran Pangiri menjadi raja, banyak yang mendukung dan menyuruh Panembahan Senopati supaya merebut kerajaan. Akan tetapi Panembahan Senopati tidak mau. “saya ini bukan pewaris Kraton Pajang. Yang penting bumi Mataram damai sentosa. Sebenarnya yang mempunyai pewaris Kraton Pajang itu Pangeran Benawa dari Jipang”. Tapi bekas punggawa Pajang yang mengungsi ke Jipang, memohon perlindungan dan jika terjadi perang siap membantu. Maka dari itu Pangeran Benawa serta Panembahan Senopati mengadakan pertemuan di Desa Weru daerah Gunung Kidul. Berangkat dari sana prajurit Mataram dan Jipang mengepung Kota Pajang.
Rakyat Pajang yang ada di dalam Kota banyak yang membelot ikut menjadi musuh. Maka Pangeran Benawa dan prajuritnya bisa dikalahkan. Pangeran Pangiri terpaksa menyerahkan diri, dilungsurkan dari jabatannya dan dibekali jadi Bupati di Demak.
Melalui keputusan Pangeran Benawa serta para tetua Pajang, Panembahan Senopati lalu diangkat menjadi raja yang menduduki Kraton Pajang. Tapi Panembahan Senopati lebih memilih menetap di Mataram dan Kraton juga dipindah ke Mataram. Pangeran Benawa diangkat menjadi ahli waris Kraton Pajang dan didaulat sebagai Raja Muda.
Sesudah itu Panembahan Senopati mendapat gelar di Mataram, Ngabdurahman Sayidin Panatagama. Sebagai balas budi sesudah menjadi raja, Panembahan Senopati memberikan sesaji kepada Ratu Kidul yang berupa upacara Labuhan. Upacara itu adalah dari Panembahan Senopati yang diberikan kepada Ratu Kidul. Tempatnya di Yogyakarta sebelah timur kali Opak, di sana dipercaya sebagai gerbangnya Kraton Laut Kidul. Sampai sekarang dinamai Parangkusuma dan setiap tahunnya diadakan upacara Labuhan Parangkusuma.
1. Cahaya yang diyakini sebagai turunnya wangsit
2. Keturunan kerajaan
3. Panggilan untuk yang lebih muda
4. Panggilan untuk yang lebih tua
