Film Peter Pan & Wendy dimulai seperti kebanyakan cerita yang adaptasi ulang: Wendy Darling (Ever Anderson) terjebak antara ingin tumbuh dewasa atau tetap mempertahankan masa kanak-kanak dan bermain seperti saudara laki-lakinya, Michael dan John (masing-masing diperankan oleh Jacobi Jupe dan Joshua Pickering).
Pada suatu malam sebelum Wendy pergi ke sekolah asrama, dia dikunjungi oleh Peter Pan (Alexander Molony), yang ceritanya telah didengar oleh mereka dari sang ibu, beserta temannya peri Tinker Bell (Yara Shahidi).
Dengan sedikit keajaiban fairy dust dan beberapa pikiran bahagia, anak-anak ini mengikuti Peter Pan dan Tinker Bell ke Neverland, tempat di mana anak-anak tidak pernah tumbuh dewasa, dan di mana Peter selalu dikejar-kejar oleh musuh bebuyutannya, Kapten Hook (Jude Law), beserta perwira pertamanya Mr. Smee (Jim Gaffigan), dan seluruh anak buah kapal.
Dalam adaptasi terbarunya dari cerita klasik J. M. Barrie, David Lowery dan co-writer Toby Halbrooks tidak sepenuhnya mengubah seluruh ceritanya, namun mereka mempersembahkan sesuatu yang layak untuk dieksplorasi lagi.
Memang, ini adalah cerita yang sudah diketahui banyak orang, namun dengan perubahan cerdas yang cukup signifikan dari versi animasi tahun 1953 dan sentuhan dari Lowery, film ini terasa segar.
Sebagai contoh, momen ketika anak-anak terbang menuju Neverland melalui (jam besar) Big Ben terasa seperti sesuatu yang 'baru' dibandingkan dengan kebanyakan adaptasi Disney yang sudah biasa.
Adegan cepat di mana Wendy mengingat masa kecilnya, dan membayangkan bagaimana hidupnya sebagai orang dewasa, terasa jauh lebih emosional dan kuat dibandingkan dengan film adaptasi Disney lainnya.
Lowery memastikan untuk menunjukkan kepada penonton, bahwa meskipun keabadian muda itu indah, tapi hidup yang telah dijalani dengan sepenuh hati juga sama indahnya.
Lowery dan Halbrooks juga menghabiskan waktu yang cukup lama, untuk mengeksplorasi hubungan antara Peter Pan dan Hook.
Saat Wendy berjuang untuk mencari jati dirinya antara anak-anak dan dewasa, dia melihat dua sisi yang sangat bertentangan: frustrasi tentang masa kanak-kanak yang abadi, dan bahaya kehilangan kegembiraan hidup dan semangat anak-anak.
