Indonesia dan Jepang telah menekankan komitmen antara kedua negara untuk meningkatkan kerjasama dalam menghadapi isu-isu perubahan iklim, lingkungan, dan energi. Pernyataan ini ditandatangani pada 20 Agustus 2007 di Jakarta oleh Presiden Indonesia, H.E. Dr. Susilo Bambang Yudhoyono, dan Perdana Menteri Jepang, H.E. Mr. Shinzo Abe. Kedua pemimpin menegaskan pentingnya isu-isu tersebut diatasi dalam konteks "Strategic Partnership for Peaceful and Prosperous Future" yang disepakati pada 28 November 2006. Kedua negara berkomitmen untuk bekerja sama secara erat dalam rangka memastikan keberhasilan Konferensi Pihak-Pihak (COP 13) dari Konvensi Kerangka Kerja Perserikatan Bangsa-Bangsa (UNFCCC) dan Pertemuan Pihak-Pihak (COP/MOP 3) dari Protokol Kyoto yang akan diselenggarakan di Bali pada 3-14 Desember 2007.
Indonesia dan Jepang sepakat untuk ambil bagian dalam kerangka kerja yang efektif mengenai perubahan iklim setelah tahun 2012 di bawah UNFCCC, di mana semua negara emitor utama ikut serta. Dalam perjanjian ini kedua pemimpin menekankan pentingnya pengurangan emisi global secara signifikan hingga tahun 2050, dengan mempertimbangkan prinsip tanggung jawab yang sama namun berbeda dan kemampuan masing-masing. Target jangka panjang untuk mengurangi emisi global, seperti yang disebutkan dalam perjanjian tersebut, adalah pengurangan emisi global sebesar setengah dari tingkat saat ini pada tahun 2050. Target ini harus dicapai dengan mempertimbangkan prinsip tanggung jawab yang sama namun berbeda dan kemampuan masing-masing negara.
Pada perjanjian tersebut juga menekankan pentingnya pengelolaan hutan secara berkelanjutan, penggantian dan penanaman kembali hutan, penerapan mekanisme pembangunan bersih, penggunaan sumber daya secara berkelanjutan, dan pengembangan sumber energi yang dapat diperbaharui. Kedua negara sepakat untuk meningkatkan kerjasama dalam hal keamanan energi, termasuk pengembangan infrastruktur energi dan pengamanan jalur laut untuk perdagangan sumber daya energi. Indonesia juga turut mengungkapkan apresiasi yang tinggi terhadap inisiatif kerjasama energi Jepang dan kedua pemimpin menyatakan kesediaan untuk bekerja sama dalam rangka memastikan keberhasilan KTT ke-3 Asia Timur yang akan fokus pada isu perubahan iklim dan lingkungan.
Dalam upaya meningkatkan kerjasama dalam bidang perubahan iklim, Indonesia dan Jepang telah bekerja sama dalam Joint Credit Mechanism (JCM). JCM adalah suatu mekanisme yang memungkinkan negara-negara untuk bekerja sama dalam mengurangi emisi gas rumah kaca dan meningkatkan penggunaan energi yang ramah lingkungan. Indonesia dan Jepun telah sepakat untuk bekerja sama dalam JCM sejak tahun 2013. Kerjasama dalam JCM ini bertujuan untuk mengurangi emisi gas rumah kaca dan meningkatkan penggunaan energi yang ramah lingkungan. Salah satu contoh proyek JCM adalah proyek pembangunan rendah karbon di Indonesia. Proyek ini bertujuan untuk mengurangi emisi gas rumah kaca dan meningkatkan penggunaan energi yang ramah lingkungan dalam pembangunan infrastruktur di Indonesia.
Kerjasama Indonesia dan Jepang dalam bidang perubahan iklim, lingkungan, dan energi juga telah menghasilkan beberapa kesepakatan penting. Salah satu contoh kesepakatan ini adalah Nationally Determined Contributions (NDC) yang telah disepakati oleh Indonesia dan Jepang. NDC adalah suatu komitmen yang dibuat oleh negara-negara untuk mengurangi emisi gas rumah kaca dan meningkatkan penggunaan energi yang ramah lingkungan. Dalam keseluruhan, kerjasama antara Indonesia dan Jepang dalam bidang perubahan iklim, lingkungan, dan energi telah menghasilkan beberapa kemajuan yang signifikan. Secara keseluruhan kerjasama yang dilakukan ini merupakan upaya mengurangi emisi gas rumah kaca dan meningkatkan penggunaan energi yang ramah lingkungan.