Menurut para ahli, leluhur penutur Austronesia berasal dari Asia Timur, tepatnya di Kepulauan Taiwan dan Formosa. Mereka kemudian bermigrasi ke Selatan melalui Filipina terus ke Sulawesi, Kalimantan dan Sumatra sekitar 5000 hingga 3000 tahun yang lalu.Â
Penduduk asli penutur Austronesia yang masih hidup Taiwan saat ini memiliki DNA Austronesia yang hampir homogen di dalam tubuh mereka.
Perlu diketahui bahwa kelompok Austronesia di Taiwan saat ini menjadi kelompok minoritas setelah migrasi etnis Han dari Daratan Tiongkok secara besar-besaran.
Leluhur penutur Austro-Asiatik diketahui berasal dari kawasan Indo-China, kawasan Vietnam bagian Utara dan sekitarnya. Mereka juga melakukan migrasi ke Selatan melalui Semenanjung Malaya terus Ke Sumatra, Kalimantan dan Jawa.Â
Saat ini, kawasan tersebut akan terlihat kental dengan budaya Tionghoa akibat penaklukan oleh Dinasti-Dinasti Tiongkok pada abad ke-11 SM hingga 10 M ke sana.Â
Sementara itu, leluhur Austro-Melanesia diduga datang paling awal ke Kepulauan Asia Tenggara yakni sekitar 60.000 tahun yang lalu. Saat itu, manusia purba Neanderthal masih hidup di Eropa. Leluhur Austro-Melanesia ini, diduga berasal dari Afrika.Â
Di antara ketiga suku bangsa tersebut saling mengadakan perkawinan, sehingga terlahirlah generasi yang memiliki DNA campuran.
Kemudian sejak masa protosejarah, keturunan dari ketiga suku bangsa ini turut pula menjalin hubungan perkawinan dengan orang-orang dari Anak Benua India, Arab, dan Tiongkok akibat adanya kontak dagang.
Sehingga, tak salah jika sejumlah kecil  DNA Indo-Eropa dan Arab juga ditemukan di dalam DNA etnis-etnis di Indonesia saat ini.
Meskipun memiliki kandungan DNA yang sama, namun masing-masing etnis ini memiliki persentase atau proporsi DNA yang berbeda. Hal inilah yang menjadi salah satu pembeda antaretnis tersebut selain dari segi bahasa dan unsur kebudayaan lainnya.Â
Misalnya saja antara orang Melayu dan Jawa. Orang Melayu memiliki persentase DNA Austronesia yang lebih tinggi dibandingkan dengan DNA Austro-Asiatik sementara etnis Jawa berlaku sebaliknya.