Saat ini, Museum Daerah NTT termasuk dalam salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang ada di Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi NTT.
Museum yang didirikan pada tahun 1977 ini memiliki lahan seluas 3 Ha. Memiliki 10 jenis koleksi. Total koleksinya sebanyak 8.999 koleksi yang diambil dari seluruh kabupaten yang ada di NTT.
Koleksi Museum Daerah NTT itu diperoleh dari hasil-hasil berikut ini: hibah, ganti rugi, pembelian, dan bentuk lainnya.
Koleksi tersebut berupa benda-benda arkeologi, biologi, geografi, etnografi, historis, numismatik, heraldik, senirupa, filologi, dan teknologi yang sebagian besar sudah dipamerkan di tempat tetap di dalam bangunan Museum.
Adapun ruang pameran tetap Museum Daerah NTT telah mendapatkan dana revitalisasi dari APBN Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan pada anggaran 2014.
Dengan adanya perbaikan tersebut, tata pamernya diubah dan didesain sedemikian sehingga dapat meningkatkan daya tarik dan pelayanan terhadap pengunjung museum.
Museum Daerah Provinsi NTT merupakan rumah bagi semua. Karena itu museum ini menampung berbagai benda alam dan budaya masyarakat NTT sebagai pusat informasi budaya, sejarah dan peradaban.Â
Visi Museum ini adalah "Mengembangkan diri sebagai pusat studi ilmiah dan kegiatan Edukatif kultural, wahana pengenalan jati diri, sumber inspirasi dan apresiasi budaya dalam menunjang pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi serta menjembatani keanekaragaman adat dan budaya Nusa Tenggara Timur".
Sedangkan misinya adalah Menyelamatkan, memelihara dan memanfaatkan benda-benda warisan sejarah alam dan budaya masyarakat Nusa Tenggara Timur.
Upaya ini bertujuan untuk memperkuat identitas diri, mendorong kreativitas, memupuk toleransi, menunjang pendidikan dan pariwisata serta menampilkan kekayaan budaya Nusa Tenggara Timur ke ajang yang lebih luas.Â
