Tantangan signifikan lainnya adalah rendahnya partisipasi masyarakat dalam proses perencanaan dan pengambilan keputusan terkait penggunaan dana Otsus. Hal ini dapat mengakibatkan ketidaksesuaian program dengan kebutuhan dan harapan masyarakat.
3. Infrastruktur dan Akses
 Faktor geografis dan infrastruktur yang belum memadai menjadi kendala dalam distribusi dana Otsus. Daerah terpencil sering menghadapi kesulitan akses, memperlambat pelaksanaan program pembangunan.
4. Isu Sosial dan Budaya
 Keberagaman budaya dan sosial di Papua menjadi tantangan serius dalam perumusan dan implementasi kebijakan. Penyesuaian kebijakan dengan konteks lokal yang beragam memerlukan pendekatan yang lebih cermat.
5. Ketergantungan pada Sumber Daya Alam
 Ketergantungan ekonomi pada sektor sumber daya alam dapat merugikan ketahanan ekonomi jangka panjang. Diperlukan diversifikasi ekonomi untuk mengurangi risiko yang terkait dengan fluktuasi harga komoditas.
Langkah-langkah Menuju Transformasi Positif
Melalui pemahaman mendalam terhadap tantangan yang dihadapi Otsus Papua, ada beberapa langkah yang dapat diambil untuk mengatasi permasalahan tersebut dan mengarahkan kebijakan menuju pencapaian hasil yang lebih positif:
1. Penguatan Pengawasan dan Akuntabilitas
 Peningkatan mekanisme pengawasan dan akuntabilitas terhadap penggunaan dana Otsus sangat penting. Audit independen yang rutin dan transparansi dalam pelaporan keuangan dapat membantu mencegah dan mengidentifikasi penyalahgunaan dana.