Rencana pembangunan masjid ini berawal pada 15 Maret 2005 silam ketika warga gabungan RW 012 (pengelola musholla Nurul Islam) meminta ke Haji Rawi (tokoh masyarakat) untuk mewakafkan tanahnya untuk dibangun masjid Jami Nurul Islam, dan sepakat musholla dibongkar untuk dijadikan halaman parkir masjid, namun haji Nur Alam meminta pembangunan masjid Nurul Islam Koja dipindah ke tanah miliknya, padahal tadinya pembangunan masjid sudah disepakati warga dan donator untuk dibangun di atas tanah wakaf haji Rawi.
Permintaan tersebut diterima warga dan donator karena haji Nur Alam beralasan tanah miliknya yang sebelahnya lagi akan dijual untuk kantor Kelurahan Koja meskipun pada akhirnya tidak jadi dan haji Nur Alam berjanji bahwa Musholla yang posisinya dekat tanah wakaf haji Rawi akan dibongkar untuk dijadikan halaman bersama antara Masjid dan kantor kelurahan.
Pembangunan masjidpun dimulai dan haji Nur Alam yang meletakaan batu pertama, memberikan sambutan, memberikan tambahan nama "jami" dan menyumbang Semen sebagaimana video sambutan yang beredar di Youtube. Atas dasar itu warga dan donator ikut menyumbang pembangunan tersebut.
Setelah pembangunan masjid selesai dan ditempati oleh jama'ah, pada tanggal 03 mei 2011, haji Rawi menyerahkan pembangunan masjid kepada jama'ah dan warga RW.012 melalui haji Nur Alam untuk difungsikan sebagai sarana ibadah sholat lima waktu dan kegiatan keagamaan lainnya. Setelah diserahkan ditunggu beberapa bulan ternyata haji Nur Alam tidak mau masuk kedalam masjid dan tidak mengadakan rapat dengan jama'ah, maka 15 orang setelah selesai sholat subuh silaturrahmi ke rumah haji Nur Alam dengan tujuan untuk menindaklanjuti penyerahan pengelolaan Masjid Jami' Nurul Islam, sekaligus memintanya untuk memimpin jama'ah namun ditolak.
Setelah rapat tanggal 23 Nopember 2011, warga dan Jam'ah dipimpin oleh H. Saba'i, Ketua RW.012 dan Ketua RT.001 sampai RT.013 dan juga Ketua LMK, datang kerumah haji Nur Alam untuk menyerahkan 3 Sertifikat Asli atas nama keluarga haji Rawi, untuk digabung dengan tanah milik haji Nur Alam untuk diwakafkan menjadi tanah wakaf Masjid Jami' Nurul Islam, namun ditolak.
Pada tanggal 01 Desember 2011, haji Nur Alam meminta agar nama masjid diganti menjadi Masjid Al-Islah, diganti lagi menjadi Masjid Al-Muhklisin yang disaksikan oleh Walikota Jakarta Utara, dan jajaran pimpinan Muspiko Jakarta Utara. Tindakan kesewenangan itu yang dianggap mulai mencederai perjanjian awal pembangunan. Akhirnya karena merasa ditipu dan dibohongi oleh haji Nur Alam, para donator dan jamaah minta bangunan masjid dipindah ke tanah wakaf haji Rawi yang merupkan lokasi awal yang diplot untuk pembangunan masjid Nurul Islam dan Masjid jami' Nurul Islam dibangun diatas tanah wakaf keluarga haji Rawi, sertifikat Wakaf No. W.32, dan telah diresmikan pada tahun 2018, oleh Ketua Umum MUI Pusat Prof. Dr. (H.C) KH. Ma'ruf Amin yang saat ini menjadi Wakil Presiden RI.
Pro-Kontra Opini Publik Sebabkan Probabilitas Konflik
Fenomena sosial berupa konflik berawal dari pro-kontra yang abstrak diperparah egosentris komunal yang menghambat komunikasi yang baik juga. Isu soal konflik masjid jami Nurul Islam ini sebenarya merupakan kuatnya egosentris dari haji Nur Alam tidak mau menerima informasi yang baik, secara eksplisit bisa divalidasi. Bahkan terkesan mengelak dan membuat opini masyarakat yang justru menyesatkan.
Habituasi yang buruk ini memperparah konflik berkepanjangan tidak kunjung selesai, bahkan ini sengaja dimunculkan seolah-olah ini konflik antara haji Rawi dan haji Nur Alam nyatanya secara de jure jelas sekali tidak ada kaitannya dengan haji Rawi karena sudah menyerahkan sepenuhnya ke jamaah melalui haji Nur Alam. Muncul pertanyaan, kenapa jamaah masih tidak setuju haji Nur Alam menaruh material di masjid bukankah sudah diserahkan ke haji Nur Alam ? pertama kita harus memahami narasi penyerahan pengelolaan masjid dari haji Rawi (sebagai donator dan panitia) kepada jamaah dan warga, penyerahan melalui haji Nur Alam yang dianggap sebagai tokoh. Artinya yang punya kewenangan adalah warga dan jamaah (takmir masjid) dan haji Nur Alam hanya mediasi dan penerima pelimpahan yang diminta juga untuk terlibat dalam pengelolaan masjid. Jadi porsinya kolektif kolegial, bersama-sama membangun dan memakmurkan masjid, dan urusan kebijakan apapun harus melaui musyawarah.
Dilain pihak, justru haji Nur Alam malah berencana mengambil kembali hak atas tanah masjid yang sebelumnya sudah diwakafkan, dan semenjak itu sering melakukan sewenang-wenang dengan melakukan pemutusan aliran listrik ke masjid hingga mengganggu jalannya ibadah dengan tumpukan material dan membuat kegaduhan dengan isu bahwa orang yang salat di masjid Nurul Islam ini tidak sah. Bahkan yang lebih parah melaporkan marbot dan dewan pengurus masjid ke Polres karena melakukan penyerobotan.
