Pemeriksaan merupakan serangkaian kegiatan yang dilakukan oleh pemeriksa yang ditunjuk oleh DJP untuk menghimpun dan mengolah dan menganalisis data, keterangan, dan bukti dari terperiksa yang dilaksanakan dengan objektif dan profesional berdasarkan suatu standar pemeriksaan yang sudah ditetapkan yang akan digunakan untuk menguji kepatuhan kewajiban perpajakan dan optimalisasi penerimaan pajak. Tujuan dari dilaksanakannya pemeriksaan pajak adalah:
- Untuk menumbuhkan perilaku kepatuhan Wajib Pajak dalam memenuhi kewajiban perpajakan (tax compliance) yaitu dengan jalan penegakkan hukum (law enforcement).
- Mengidentifikasi potensi risiko pajak
- Mendorong transparasi dalam pelaporan keuangan dan pelaporan perpajakan perusahaan
Dalam Sistem pemungutan pajak self assessment memungkinkan adanya potensi wajib pajak yang tidak melaksanakan kewajiban perpajakannya dengan benar baik akibat disengaja, kelalaian, pengetahuan perpajakan yang kurang dan ketidakpatuhan wajib pajak dalam memenuhi kewajiban perpajakannya, sehingga dibutuhkan pengujian kepatuhan WP dalam bentuk pemeriksaan.
Audit pajak sektor pertambangan adalah proses pemeriksaan sistematis terhadap laporan pajak, pembayaran pajak, dan kepatuhan terhadap peraturan perpajakan yang berlaku dalam industri pertambangan. Tujuan utama dari audit ini adalah untuk memastikan bahwa perusahaan pertambangan memenuhi kewajiban pajaknya dengan benar dan mematuhi semua peraturan perpajakan
Usaha Pertambangan adalah kegiatan dalam rangka pengusahaan Mineral atau Batubara yang meliputi tahapan kegiatan penyelidikan umum, eksplorasi, studi kelayakan bisnis, infrastruktur atau konstruksi, penambangan, pengolahan atau pengembangan dan/ atau pemanfaatan, pengangkutan dan penjualan, serta pasca tambang/reklamasi. IUPK adalah izin usaha yang diberikan sebagai perpanjangan setelah selesainya pelaksanaan Kontrak Karya termasuk Operasi Produksi yang merupakan usaha Pertambangan dari KK yang belum berakhir kontraknya(Indonesia, 2021).
Kontrak Karya adalah perjanjian antara Pemerintah dengan perusahaan berbadan hukum Indonesia yang memunyai ijin usaha untuk melakukan kegiatan Usaha Pertambangan Mineral. Tahapan-tahapan dalam pertambangan diantaranya tahap eksplorasi, studi kelayakan, konstruksi, eksploitasi, dan berakhir dengan reklamasi.
Hak dan kewajiban dalam hal perpajakan bagi Wajib Pajak Pemegang IUP, IUPK, IPR, IUPK sebagai Kelanjutan Operasi Kontrak  meliputi (Indonesia, 2021):
- mengakui penghasilan atas seluruh penjualan/pengalihan hasil produksi mineral sebagaimana dimaksud dalam Pasal 3 dalam menghitung Pajak Penghasilan;
- membebankan pengeluaran yang berkaitan dengan kegiatan mendapatkan, menagih, dan memelihara penghasilan dari kegiatan kerjasama tersebut sebagai pengurang penghasilan bruto dalam menghitung penghasilan kena pajak;
- melakukan pemotongan dan/ atau pemungutan pajak;
- menghitung besarnya pajak terutang;
- melakukan pembayaran dan/ atau pelunasan kekurangan pembayaran pajak yang terutang;
- menyampaikan Surat Pemberitahuan yang sudah diisi dengan benar, lengkap, jelas, dan ditandatangani; dan/atau
- hak dan kewajiban perpajakan lainnya, sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Selama semester 1 2022- 2023, penerimaan pajak dari sektor pertambangan sebesar 9,4%, yang merupakan merupakan penyumbang nomor empat. Masih Rendahnya kontribusi sektor pertambangan dikarenakan adanya praktik penghindaran pajak oleh pelaku industri batu bara dengan memanfaatkan celah dan kelemahan dari regulasi.
Rendahnya penerimaan pajak dari sektor pertambangan karena masih adanya kelemahan atau belum maksimal pemeriksaan bagi para wajib pajak mengenai kebenaran pembayaran pajaknya sehingga pada saat otoritas pajak mengajukan sengketa pajak di pengadilan selalu kalah oleh wajib pajak (Nuramalia et al., 2021).
Kasus PT Multi Sarana Avindo (MSA) yang bergerak di pertambangan batu bara, dengan dugaan adanya indikasi kurang bayar pajak pertambahan nilai. DJP melayangkan tuntutan pada tahun 2007, 2009, dan 2010. Gugatan DJP kalah di pengadilan pajak karena secara materiil tidak terbukti (Nuramalia et al., 2021).
