Terdapat beberapa perbedaan mendasar antara manajemen berbasis sekolah (MBS) dan manajemen berbasis pesantren (MBP) baik secara konsep maupun penerapannya.
 **Manajemen Berbasis Sekolah (MBS)**: MBS adalah pendekatan manajemen di mana pengambilan keputusan dan manajemen sekolah didesentralisasi.
 Hal ini berarti sekolah memiliki otonomi yang lebih besar dalam menetapkan kebijakan dan mengelola sumber daya seperti kurikulum, keuangan, dan sumber daya manusia.
 Tujuan utama MBS adalah meningkatkan mutu pendidikan melalui peran aktif seluruh pemangku kepentingan: guru, siswa, orang tua, dan masyarakat sekitar.
 **Manajemen Berbasis Pesantren (MBP)**: MBP pada umumnya diterapkan di lingkungan pesantren yang mengintegrasikan nilai-nilai agama dan tradisi pesantren ke dalam pendidikannya.
 sistem.sistem manajemen.
 Proses manajemen.
 Pengelolaan pesantren cenderung lebih terpusat, dengan diutamakan kepemimpinan kiai atau direktur pesantren.
 Fokusnya pada pendidikan agama dan pengembangan karakter peserta didik sesuai nilai-nilai Islam.
 MBP biasanya menggabungkan metode pengajaran formal dan informal, dengan penekanan pada pengajaran teks-teks Islam klasik serta pendidikan moral dan spiritual.
 Singkatnya, perbedaan utama antara MBS dan MBP adalah fokus pada otonomi manajemen dan pendidikan.
