Ada banyak hal yang menjadi hambatan pelaksanaan pembelajaran rangkap diantaranya hambatan dari guru yaitu kurangnya pengetahuan guru tentang pelaksanaan pembelajaran kelas rangkap, lemahnya koordinasi, kurangnya pelatihan mengenai pelaksanaan pembelajaran kelas rangkap, dan tempat tinggal beberapa guru yang jauh.
Hambatan lain adalah dari sekolah yaitu jumlah ruang kelas yang terbatas, dan media pembelajaran yang terbatas. Sedangkan dari pihak pemerintah yaitu tidak program pemerintah yang berkaitan dengan PKR, tidak ada monitoring dan evaluasi mengenai pelaksanaan PKR, tidak ada dana yang mendukung pelaksanaan PKR, tidak ada koordinasi antar pihak terkait.
Selain itu, hambatan dari orang tua siswa diantaranya kurangnya komunikasi guru dan pihak orang tua, kondisi geografis yang sulit dijangkau, terbatasnya pertemuan antara sekolah dengan orang tua dan komite sekolah, dan rendahnya kemampuan sosial ekonomi orang tua siswa.
Untuk melaksanakan pembelajaran kelas rangkap perlu pertimbangan dan perencanaan sebelum melaksanakan pembelajaran kelas rangkap. Baik pihak sekolah, guru, komite, dan orang tua siswa, serta pihak-pihak terkait perlu duduk bersama dalam melaksanakan pembelajaran kelas rangkap. Sehingga hambatan dan tantangan yang dihadapi dalam pelaksanaan kelas rangkap dapat diminimalisir.
Agar pelaksanaan pembelajaran kelas rangkap dapat berhasil dan sesuai dengan prosedur, maka perlu memiliki pengetahuan dasar pelaksanaan pembelajaran kelas rangkap yang ideal. Terutama untuk guru sebagai pihak pelaksana dalam proses pembelajaran di kelas.
Pelaksanaan pembelajaran kelas rangkap tentunya tidak dapat dilaksanakan secara sempurna. Namun, agar pelaksanaannya dapat berjalan dengan semestinya dan mendapatkan hasil sesuai yang diharapkan, maka dapat dilakukan dengan memperhatikan strategi pembelajaran kelas rangkap yaitu pembelajaran secara berkelompok sehingga terjalin kerja sama dan interaksi di dalam kelas. Sehingga guru memiliki banyak waktu dalam membimbing murid  yang kurang memahami dalam kelompok kecil.
Cara lain yang dapat dilakukan yaitu memanfaatkan lingkungan kelas sebagai sumber belajar, sehingga dapat meningkatkan kemampuan murid dalam menalar dan memahami pembelajaran dengan media yang ada di kelas. Untuk itu guru dalam menata kelas perlu memajang media yang dapat digunakan dalam pembelajaran baik dengan media yang tersedia di pasaran maupun dengan merancang sendiri.
Selain itu, perlu menerapkan prinsip-prinsip pembelajaran kelas rangkap agar dapat menciptakan pembelajaran yang kondusif yaitu memperhatikan kondisi kelas, pelaksanaan proses pembelajaran yang berlangsung serempak, menghadirkan konsep belajar CBSA yang sesungguhnya sehingga murid lebih aktif dalam pembelajaran. Disamping itu dapat menggunakan pendekatan pembelajaran kelas rangkap.
Dengan melaksanakan beberapa hal tersebut diharapkan hasil belajar murid pada praktik pembelajaran kelas rangkap sesuai harapan. Sehingga pelaksanaan pembelajaran kelas rangkap pada sekolah-sekolah SD umumnya dapat terlaksana dengan baik. Selain itu, anak-anak  mendapatkan pendidikan yang menjadi hak mereka seperti yang tertuang dalam undang-undang dan peraturan perundangan mengenai hak anak.
