Cerita dibuka dengan laporan dari pasukan pemberontak mengambil alih peluncuran rudal nuklir dekat Vladivostok di Rusia Timur. Pemimpin pasukan itu, radikal Rusia bernama Radchenko, mengancam untuk meluncurkan rudal. Radchenko juga telah menguasai tiga kapal selam serangan Akula kelas untuk melindungi pantai dari Vladivostok.
Pemerintah Amerika Serikat memutuskan untuk mengirim kapal selam nuklir terbaik, dan terlengkap itu, Alabama, ke patroli lepas pantai Vladivostok. Jika perlu, Alabama akan meluncurkan platform pertama untuk rudal nuklir untuk menghentikan upaya Radchenko untuk meluncurkan rudal sendiri.
Komandan Ron Hunter dari US Navy yang diperankan oleh Denzel Washington disebut dalam sebuah wawancara dengan kapten Alabama, Ramsey yang diperankan oleh Gene Hackman. Pejabat eksekutif Ramsey sendiri (XO) sakit dan dibutuhkan penggantian. Ramsey terkesan dengan Hunter.
Hunter dan temannya, Letnan "weps" Ince, dipanggil untuk tugas dan segera berangkat dengan Alabama.
Pada patroli lepas pantai timur Rusia, Alabama menjalankan latihan. Ketika terjadi kebakaran di dapur, Hunter bergegas untuk membantu memadamkan api. Pada saat itu, perintah Ramsey meluncurkan rudal yang akan dilakukan. Hunter memberitahu kapten bahwa api di dapur dapat berkobar lagi tapi Ramsey menolak dia, berkonsentrasi pada latihan. Sebuah laporan datang dari belowdecks, salah satu awak telah menderita serangan jantung. Ramsey membatalkan latihan dan berjalan di bawah untuk memeriksa anggota awak, yang telah meninggal.
Rivetti dan unitnya mendeteksi kapal selam musuh, Ramsey memerintahkan dia untuk mengidentifikasi dan memerintahkan sebuah manuver penghindaran untuk menghindari deteksi oleh Akula tersebut. The Alabama menderita kerusakan kecil, Akula menghilang dari sonar dan kabel pelampung terputus, memotong EAM. Selain itu, peralatan radio telah mengalami kerusakan parah dan tidak ada pesan yang akan keluar atau masuk
Ramsey dan Hunter meninjau EAM, menemukan bahwa pesan tidak mengandung perintah yang jelas. Hunter menyarankan bahwa Alabama harus naik ke permukaan untuk menerima sisa pesan, namun Ramsey menolak, mengatakan itu terlalu berbahaya dengan Akula masih didekatnya. Ramsey bermaksud untuk melanjutkan dengan peluncuran rudal, tapi Hunter tidak setuju, mengatakan pesan lengkap bisa menjadi perubahan paket target atau perintah untuk membatalkan peluncuran. Ramsey counter mengatakan bahwa pesan tidak secara lengkap dan tidak ditindaklanjuti atas dan perintah Hunter mengulangi perintahnya untuk memulai. Hunter menolak dan menyimpulkan bahwa kapten bertindak tidak rasional. Ketika Ramsey tidak akan setuju dengan Hunter, Ramsey ditangkap dan dikunci di dalam kabinnya. Hunter mengambil alih komando dan menginformasikan kru bahwa mereka masih akan patroli, pada keadaan yang sama kesiapan, dan berusaha untuk membangun kembali komunikasi untuk memverifikasi EAM.
Pada sonar, muncul kembali Akula dan serangan, meluncurkan torpedo. Perintah Hunter meluncurkan dua torpedo dan menghancurkan Akula tersebut. Namun, torpedo terakhir diluncurkan oleh Akula sebelum itu hancur dan meledak sangat dekat dengan Alabama. Alabama mengalami kebocoran dan orang-orang di teluk lambung kapal tenggelam dan Hunter memerintah teluk lambung kapal disegel. Sementara itu, Alabama tenggelam dengan cepat, mendekati kedalaman 1.850 kaki, di mana tekanan air yang kuat akan menghancurkan lambung. Propulsion dipulihkan sebelum perahu dapat dimusnahkan dan perahu naik ke kedalaman yang aman.
Beberapa petugas Ramsey memutuskan bahwa Hunter tidak layak untuk perintah dan mereka merencanakan pemberontakan untuk membebaskan Ramsey.Mereka membebaskan Ramsey, dan menangkap Hunter dan petugas lain yang membantu dia dalam pemberontakan. Ramsey memerintahkan peluncuran rudal. Sementara di tahanan, Hunter berbicara filosofis tentang pilihan untuk meluncurkan rudal nuklir dapat memulai kehancuran dunia.
Di Pearl Harbor, Hawaii, penyelidikan umum disebut sebelum Laksamana Armada Pasifik. Setelah meninjau insiden tersebut, ia mengatakan kedua Hunter dan Ramsey bahwa mereka berdua benar dan salah dalam tindakan mereka kapal Alabama. Laksamana juga mengumumkan bahwa Ramsey pensiun. Hunter selanjutnya heran ketika ia mendengar bahwa ia harus diberi komisi kapten kapal selam dan sangat dianjurkan oleh Ramsey sendiri.
Di luar Navy HQ, Ramsey mengambil anjingnya. Dia melihat Hunter dan mengatakan kepadanya bahwa dia benar, tentang kuda Lippenzaner yang dari Spanyol. Kedua senyum dan hormat satu sama lain.
film yang cukup menarik dan menegangkan. dimainkan oleh 2 aktor papan atas yang memiliki 2 karakter kepemimpinan yang berbeda.
Hunter yang lebih mencintai perdamaian dan memikirkan jangka panjang akan dampak dari peluncuran rudal sedangkan Ramsey dengan pikiran kolotnya yang hanya ingin melestarikan perang dengan peluncuran rudal tanpa memperdulikan akibatnya..
