Pendidikan Islam dalam konteks ini tidak hanya menitikberatkan pada aspek agama saja, tetapi juga mencakup nilai-nilai moral, etika, dan budaya yang bersumber dari ajaran Islam. Pendidikan Islam memegang peran penting dalam sistem pendidikan nasional Subsistem ini memainkan peran penting dalam memastikan bahwa generasi muda tidak hanya memperoleh pengetahuan agama tetapi juga  keterampilan yang diperlukan untuk memberikan kontribusi positif kepada masyarakat.
 Di Indonesia, pendidikan Islam merupakan bagian integral dari sistem pendidikan nasional. Madrasah atau pesantren mempunyai peran penting dalam memberikan pendidikan agama kepada siswa sesuai dengan kurikulum nasional. Anda bisa memperoleh pemahaman mendalam tentang ajaran Islam seperti Al-Quran, Hadits, sejarah Islam, dan nilai-nilai moral yang terkandung di dalamnya.
 Pendidikan Islam dalam sistem pendidikan nasional juga menekankan pentingnya pengembangan karakter yang kuat pada peserta didik, antara lain kejujuran, keadilan, ketekunan, dan rasa tanggung jawab yang merupakan nilai inti ajaran Islam.Melalui hal ini, siswa tidak hanya memperoleh kemampuan akademis yang unggul, tetapi juga berkembang menjadi manusia yang bertanggung jawab, bermoral dan beretika dalam kehidupan sehari-hari.
Selain itu, subsistem pendidikan Islam juga berfungsi untuk mengedepankan nilai-nilai toleransi, saling pengertian antaragama, dan  perdamaian.Melalui pendidikan agama yang komprehensif, peserta didik harus mampu menghargai perbedaan individu dan kelompok serta membangun masyarakat yang inklusif dan harmonis.
Pendidikan Islam sebagai subsistem pendidikan nasional mempunyai tantangan tersendiri,  antara lain: Menggabungkan kurikulum agama dan nasional, menjamin keseimbangan kualitas pendidikan antara pengetahuan agama dan pengetahuan umum, serta mempersiapkan peserta didik untuk bersaing dalam konteks global yang semakin kompleks. Dengan menjaga keseimbangan antara pendidikan agama dan pengetahuan umum, pendidikan Islam berpotensi mengembangkan sumber daya manusia yang tidak hanya beragama, tetapi juga kompeten, berkarakter, dan mampu berkontribusi aktif dalam masyarakat  multikultural.
 Subsistem ini merupakan pilar yang memperkuat identitas keagamaan dalam pendidikan nasional sekaligus mengedepankan nilai-nilai universal demi kemajuan bangsa dan kemanusiaan secara keseluruhan.
