Balai Karantina Pertanian Kelas I Denpasar merupakan lembaga pemerintah yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden. Balai Karantina Pertanian Kelas I Denpasar menyelenggarakan tugas pokok dan fungsi di bidang karantina hewan, dan tumbuhan. Karantina merupakan sistem pencegahan masuk, keluar serta tersebarnya hama dan penyakit hewan karantina, hama dan penyakit ikan karantina, dan organisme pengganggu tumbuhan karantina, serta pengawasan dan/atau pengendalian terhadap keamanan pangan dan mutu pangan, keamanan pakan dan mutu pakan, produk rekayasa genetik, sumber daya genetik, agensia hayati, jenis asing invasif, tumbuhan dan satwa liar, serta tumbuhan dan satwa langka yang dimasukkan ke dalam, tersebarnya dari suatu area ke area lain, dan/atau dikeluarkan dari wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia (Peraturan Presiden Nomor 45 Tahun 2023).
Balai Karantina Pertanian Kelas I Denpasar memiliki enam wilayah kerja, yaitu Pelabuhan Penyeberangan Gilimanuk (Negara), Pelabuhan Laut Benoa (Denpasar), Bandar Udara Ngurah Rai (Tuban, Badung), Kantor Pos Besar Denpasar, Pelabuhan Laut Celukan Bawang (Singaraja) dan Pelabuhan Penyeberangan Padang Bai (Karangasem).
Ruang lingkup kerja di Balai Karantina Pertanian Kelas I Denpasar mencangkup beberapa kegiatan tindakan karantina yakni tindakan pemeriksaan, pengasingan, pengamatan, perlakuan, penahanan, penolakan, pemusnahan dan pembebasan.
Balai Karantina Pertanian Kelas I Denpasar memiliki laboratorium untuk mengidentifikasi OPT/OPTK. Laboratorium sebagai fasilitas yang sangat penting bagi penyelenggaraan karantina karena hasil pemeriksaan di laboratorium akan menentukan keputusan yang akan diambil tentang bebasnya suatu media pembawa dari OPTK atau Hama Penyakit Hewan Karantina (HPHK). Laboratorium Karantina Tumbuhan terdiri dari ruangan laboratorium entomologi, nematologi, gulma, preparasi, dan sterilisasi. Lantai kedua terdapat ruangan laboratorium bakteriologi, virologi, inkubasi, isolasi, biomolekuler ekstrasi, biomolekuler PCR dan gel doc. Jenis pengujian yang dilakukan yakni terhadap OPTK golongan virus, bakteri, cendawan, nematoda, dan serangga. Berdasarkan undang-undang No. 21 tahun 2019 Balai Karantina Pertanian bertugas melakukan kegiatan tindakan karantina yang terdiri atas tindakan 8P yakni Pemeriksaan, Pengasingan, Pengamatan, Perakuan, Penahanan, Penolakan, Pemusnahan dan Pembebasan. Selain tindakan 8P, Balai Karantina Pertanian juga bertugas melakukan pemantauan yang dilakukan setiap satu tahun sekali.
Mahasiswa Agroteknologi UPNVJT melaksanakan kegiatan MBKM di Balai Karantina Pertanian Denpasar. Kegiatan yang dilakukan selama pelaksanaan magang meliputi, pengujian nematoda pada tanaman hias dan rimpang dengan menggunakan metode corong baermann, pengujian cendawan dengan menggunakan metode blotter test dan washing test untuk mengetahui adanya cendawan pada sampel yang akan diekspor, pengujian cendawan pada tanaman jagung dengan menggunakan metode sporulasi, pemeriksaan fisik pada sampel biji kopi dan manggis dengan menggunakan metode pemeriksaan langsung, pengujian bakteri dan jamur dengan menggunakan metode PCR, melakukan identifikasi hama seperti hama gudang, lalat buah dan tungau, melakukan rearing terhadap hama gudang dan lalat buah, serta perlakuan fumigasi pada handicraft dan furniture. Selain itu, terdapat juga pemberian materi oleh pegawai balai karantina terkait alur karantina tumbuhan untuk dan administrasi.
