Pondok Pesantren Al-Itqon yang berada di Kecamatan Pedurungan, Kota Semarang memiliki sejarah yang panjang. Jika di telusuri PP ini telah mengalami perkembangan dalam 3 periode. Periode pertama dirintis oleh KH. Shodaqoh Hasan pada tahun 1953. Dalam masa kepemimpinannya beliau selama 27 tahun pendidikan di PP bercorak salafiyah.Â
Pada periode kedua, PP ini telah mengembangkan sistem pendidikan modern (khalafi). Pada masa ini juga dilakukan pengembangan fisik dan organisasi kelembagaan. Pengembangan fisik meliputi pembangunan gedung sekolah MI, MTs dan MA, ruang klinik, gedung koperasi, aula, dan fasilitas lainnya. Dalam pengembangan non fisik dilakukan penerimaan guru formal untuk mengajar di MI, MTs dan MA mengirim para santri untuk menimba ilmu di PP yang tingkatnya lebih tinggi. Organisasi kelembagaan PP ini juga diubah dari perorangan menjadi yayasan.Â
Pada periode ketiga ada upaya untuk kembali kepada sistem pendidikan tradisional (salafi). Usaha ini dilakukan oleh pimpinan pesantren berikutnya, yaitu KH. Ahmad Kharis Shodaqoh. Beliau merasa jenuh dengan sistem pendidikan pesantren modern. Beliau sangat berkeinginan untuk mengembangkan corak pesantren seperti pesantren tradisional pada umumnya yaitu lembaga yang khusus mengkaji dan mendalami ilmu agama dengan nuansa pendidikan tradisional yang tenang dan religius. Konsekuensinya kegiatan yang bersifat modern ditutup, diantaranya klinik dan koperasi.Â
Faktor yang melatarbelakangi didirikan pesantren adalah keinginan untuk menegakkan syiar islam. Karena pada waktu itu, kondisi sosial ekonomi masyarakat sangat rendah. Nilai-nilai agama tidak dihayati dan diamalkan secara benar, sesuai dengan tuntutan syariah. Kondisi masyarakat yang demikian, menimbulkan keprihatinan yang mendalam pada diri KH. Shodaqoj Hasan.Â
Keprihatinan itu muncul setelah beliau menimba ilmu di PP Lirboyo, Jawa Timur selama 5 tahun. Beliau adalah keturunan KH. Hasan Asnawi bin Kiyai Misbah (Pimpinan PP al-ittihad, Poncol, Salatiga, Jawa Tengah) KH. Shodaqoh Hasan selain aktif dalam kegiatan dakwah dan di organisasi NU. Beliau pernah menjabat sebagai Syuriah di tingkat provinsi. Di samping itu beliau aktif dalam kegiatan politik yaitu di PPP dan pernah menjadi anggota DPR selama 2 periode (tahun 70 an).Â
PP Al-Itqon berada di Kampung Tlogosari Wetan, Kota Semarang, Provinsi Jawa Tengah. Lokasi pondok pesantren berada di pinggir Kota Semarang yang suasananya masih tenang, karena jauh dari keramaian kota.Â
Semula manajemen kelembagaan pondok pesantten bersifat tradisional dengan figur sentral seorang kiyai. Ini terjadi pada periode pertama yang dipimpin oleh KH. Shodaqoh Hasan dan KH. AH. Kharis Shodaqoh. Pada masa kepemimpinan beliau yayasan diberi nama "Al-Watoniyah". Meskipun penyelenggaraan dan pengelolaan pendidikan ditangani yayasan, keberadaan yayasan hanyalah sebuah organisasi pelaksana kepemimpinan KH. Shodaqoh Hasan dan KH. AH Kharis Shodaqoh. Kiyai tetap merupakan figur sentral dalam pengambilan keputusan.Â
Kegiatan pendidikan pesantren :
1. Pendidikan Sekolah :
Yayasan Al-Watoniyah merupakan penyelenggara pendidikan sekolah Raudhatul Athfal (RA), Madrasah Ibtidaiyah (MI), Madrasah Tsanawiyah (MTs).Â