Pondok Pesantren Sultan Mahmud Badaruddin bermula dari keinginan menyantuni anak yatim piatu lalu para pendiri sepakat untuk dapat membentuk Yayasan yang bernama Yayasan Amal Bakti sempurna pada tanggal 28 Desember 1989. Beberapa selang waktu  kemudian membuat nama panti Asuhan yang diberi nama Sinar Kasih.
Beberapa waktu kemudian panti Asuhan tersebut membutuhkan suatu lembaga pendidikan. Dari hal tersebut muncul gagasan untuk dapat mendirikan sebuah lembaga pendidikan sebagai wadah pendidikan formal bagi peserta didik tersebut lalu lahirlah sebuah lembaga pondok Pesantren Modern yang diberi nama Pondok Pesantren Sultan Mahmud Badaruddin.Â
Pada awal mula Pesantren ini menempati lahan seluas 2 hektar lahan tersebut merupakan bagian waqaf dari seorang yang dermawan memiliki perhatian khusus kepada kaum yatim bernama Agus Cik Hasan.Â
Kini lahan wakaf tersebut berkembang menjadi luas sekitar 8 hektar. Lokasi Pesantren tidak jauh dari kota palembang, Sumatera Selatan. Tepatnya di Jalan Tanjung Siapi-api, Kecamatan Sukarami, kabupaten Palembang. Kawasan Pesantren ini agak jauh dari pemukiman penduduk.
Secara bertahap Pesantren ini berkembang terdiri dari pendidikan TK, TPA, SD, SMP, SMA dan kemudian  ada Akademi Akuntansi Unggulan (AAU) yang merupakan program pendidikan dalam pengembangan potensi Islam.Â
Dipilihnya Akademi Akuntansi Unggulan karena disiplin ilmu ini dapat perhitungan laba atau rugi dalam sebuah usaha sehingga kelak para kader dapat mengembangkan sebuah usaha yang membuat perencanaan keuangan secara matang. Dengan demikian kelayakan sebuah usaha benar-benar diperhitungkan dengan baik.
Santri disemua tingkat pendidikan berasal dari anak asuh dan masyarakat sekitar yang berminat. Mereka dididik tidak hanya mendapatkan ilmu umum yang ada di sekolah. Namun juga ilmu keagamaan sebagai bekal dalam meningkatkan kualitas iman dan takwa. Bekal hidup mereka peroleh juga dengan berbagai keterampilan.Â
Misalnya berkebun, beternak ayam, dan ikan, serta keterampilan lainnya dengan harapan menjadi bekal mereka pada saat nanti. Sistem pendidikan yang diterapkan menggabungkan pendidikan formal dan pendidikan pesantren. Pada waktu di pagi hari santri memperoleh pendidikan formal, dan pada waktu sore serta malam hari santri mendapatkan pendidikan di pesantren.
Aktivitas ekonomi di lingkungan Pesantren berjalan cukup baik. Contohnya membuat sebuah koperasi  yang menyediakan aneka kebutuhan pokok dan kebutuhan belajar santri. Selain itu memiliki beberapa produk usaha seperti kerajinan sepatu. Unit kerajinan sepatu berkembang cukup baik terutama setelah berhasil mendapatkan pesanan beberapa lembaga di Rumah Sakit Islam Khodijah dan PLN.Â
Menurut H. Muhtarom selaku ketua yayasan pihaknya mencoba memasarkan produk ke beberapa sentra penjualan yang ada di kota Palembang. Bahan-bahan baku dari kerajinan sepatu diperoleh dari sentra industri seperti Cibaduyut, bandung, dan sentra industri serupa di Medan.