Berikut kekurangan jika SMK PK di jabat oleh Plt KS. Pertama, akan menghambat kemajuan sekolah. SMK kurang berlari dengan cepat. Ketinggalan informasi dan sering terkendala dalam update informasi. Karena Plt KS tidak memiliki kewenangan penuh untuk membangun dan memajukan sekolah. Sementara SMK PK hendaknya cepat melaju dalam menyelesaikan laporan bantuan pendidikan, relasi dan link and match industri. Mulai dari proses administrasi hingga perencanaan anggaran sesuai dengan Surat Edaran BKN Nomor 2/SE/VII/2019 tentang kewenangan pelaksana harian dan pelaksana tugas dalam aspek kepegawaian.
Kedua, Plt KS menurut  SE BKN 2/2019, tidak berwenang dalam mengambil keputusan dan atau tindakan yang bersifat strategis yang berdampak pada perubahan status hukum pada aspek organisasi, kepegawaian, dan alokasi anggaran. Adapun yang dimaksud dengan "keputusan dan/atau tindakan yang bersifat strategis" adalah keputusan dan atau tindakan yang memiliki dampak besar seperti penetapan perubahan rencana strategis dan rencana kerja pemerintah. Sedangkan yang dimaksud dengan "perubahan status hukum kepegawaian" artinya melakukan pengangkatan, pemindahan, dan pemberhentian pegawai.
Ketiga, Plt KS, hanya memiliki wewenang pada aspek kepegawaian, antara lain: 1) melaksanakan tugas sehari-hari pejabat definitif sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan; 2) menetapkan sasaran kerja pegawai dan penilaian prestasi kerja pegawai; 3) menetapkan surat kenaikan gaji berkala; 4) menetapkan cuti selain Cuti di Luar Tanggungan Negara dan cuti yang akan dijalankan di luar negeri; 5) menetapkan surat tugas/surat perintah pegawai; menjatuhkan hukuman disiplin pegawai tingkat ringan; 6) menyampaikan usul mutasi kepegawaian kecuali perpindahan antar instansi; 7) memberikan izin belajar; 8) memberikan izin mengikuti seleksi jabatan pimpinan tinggi/administrasi; dan 9) mengusulkan pegawai untuk mengikuti pengembangan kompetensi.
Jadi, dapat disimpulkan bahwa dalam menjalankan tugasnya, Plt KS tidak berwenang mengambil keputusan dan atau tindakan yang "bersifat strategis" yang dapat berdampak pada perubahan status hukum pada aspek organisasi, kepegawaian, dan alokasi anggaran.
Ketiga, berdasarkan Surat Edaran Badan Nasional Standar Pendidikan (BNSP) No. 0081/SDR/BNSP/VI/2017 tertera ketentuan, ijazah harus ditandatangani KS definitif. Kalau Plt KS, harus ada surat penunjukan khusus. Ketentuan tersebut diperkuat juga Permendikbud No. 6/2020. Artinya Plt KS tidak diperbolehkan menandatangani ijazah tanpa mandat khusus. Ini cukup mempersulit pengesahan foto copy ijazah atau legalisir dan kebutuhan administrasi bagi alumni yang ingin cepat melanjutkan studi. Karena harus disahkan di KCD Disdikkbud yang belum tentu dekat jaraknya dari sekolah, dan membutuhkan waktu yang cepat.
Keempat, jabatan Plt KS menyulitkan guru dan tenaga kependidikan dalam sistem administrasi semisal Dapodik, E-kin, PMM, Raport Pendidikan, dan Platform Digital LMS lain. Ini bisa berdampak pada "belum validnya" pada system info GTK, sampai terkendalanya staf guru dan tenaga kependidikan, utamanya dalam penyaluran dana Tunjangan Sertifikasi Guru (TPG).
KS yang menjabat secara definitif di satu SMK, tetapi juga menjadi Plt KS di SMK lain. Ini menyebabkan SMK tempat dia menjadi Plt KS tidak bisa mendaftar Implementasi Kurikulum Merdeka (IKM) secara mandiri. Karena tidak punya akun belajar," Selain menyebabkan sekolah tak bisa mendaftar IKM secara mandiri, ketiadaan akun belajar ini juga menyebabkan SMK tersebut tak bisa melaksanakan perencanaan berbasis data, pada rapor pendidikan.
Kelima, jabatan Plt KS dalam melaksanakan tugasnya, jangka waktu paling lama tiga bulan dan dapat diperpanjang paling lama tiga bulan. Dapat diganti kapan saja sambil menunggu pelantikan kepala sekolah definitif. Jika tidak sesuai harapan, jabatan Plt KS bisa setiap saat diganti, bisa seminggu dan bisa juga sebulan. Menunggu adanya pelantikan KS definitife. Ini yang secara manajemen pendidikan cukup merepotkan karena SMK PK syarat dengan banyaknya pengelolan administrasu dan bantuan keuangan.
