Aparat Pengawasan Intern Pemerintah (APIP) keberadaannya tidak mungkin di luar entitas/ organisasi termasuk pada kementerian/lembaga dan pemerintah daerah. Tidak ada dasar yang kuat mempermasalahkan keberadaan APIP sebagai bagian kementerian/lembaga dan pemerintah daerah. . .
Walaupun Masyarakat termasuk Aparat Penegak Hukum (APH) tidak percaya pada independensi pengawasan APIP karena berada di bawah menteri,pimpinan lembaga, kepala daerah yang memang ternyata banyak terlibat kasus korupsi, namun penyelesaiannya tidak setta merta APIP tidak lagi menjadi bagian dari kementerian/lembaga dan pemerintah daerah karena secara obyektif masih ada juga yang berkomitmen dalam pemberantasan korupsi meskipun mungkin tidak banyak.
Dalam UU No.39 tahun 2008 tentang Kementerian Negara. susunan organisasi kementerian menempatkan pula unsur pengawasan yaitu inspektorat jenderal pada kementerian yang nomenklaturnya secara tegas atau ruang lingkupnya disebutkan dalam UUD 1945 atau inspektorat yang kementeriannya menangani urusan pemerintahan dalam rangka penajaman, koordinasi, dan sinkronisasi program pemerintah.
Praktek pengawasan internal pemerintah selama ini merujuk pada konsep internal audit yang dikembangkan oleh The Institute of Internal Auditors’ (IIA) yang telah diserap dalam Instruksi Presien No.15 tahun 1983 dan PP No.60 tahun 2008 namun belum sepenuhnya diserap sehingga masih terjadi persoalan termasuk independensi APIP kementerian/lembaga dan pemerintah daerah.
Keberadaan APIP adalah suatu kebutuhan bagi entitas/organisasi untuk melaksanakan pengawasan intern yang merupakan seluruh proses kegiatan audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lain terhadap penyelenggaraan tugas dan fungsi organisasi dalam rangka memberikan keyakinan yang memadai bahwa kegiatan telah dilaksanakan sesuai dengan tolok ukur yang telah ditetapkan secara efektif dan efisien untuk kepentingan pimpinan dalam mewujudkan tata kepemerintahan yang baik. Pimpinan Inspektorat Jenderal atau nama lain yang secara fungsional melaksanakan pengawasan intern adalah menteri/pimpinan lembaga, Pimpinan Inspektorat Provinsi adalah gubernur.dan Pimpinan Inspektorat Kabupaten/Kota adalah bupati/walikota.
Apabila pimpinan entitas/organisasi yaitu menteri/pimpinan lembaga, gubernur dan bupati/walikota sejalan kepentingannya dalam mewujudkan tata kepemerintahan yang baik maka peran APIP dapat diberdayakan oleh pimpinn entitas/organisasi untuk kepentingan tersebut, namun sebaliknya APIP hanya sebagai asesoris jika pimpinan tidak peduli atau tidak memliki komitmen terhadap kepentingan tersebut.
Presiden sebagai pemegang kekuasaan pemerintahan sejatinya mempunyai kepentingan utama mengawasi penyelenggaraan pemerintahan. Konsekuensinya harus memberikan perhatian besar terhadap independensi APIP kementerian/lembaga dan pemerintah daerah. BPKP sebagai APIP mendapat tugas membantu Presiden dalam urusan pengawasan agar berjalan efektif sementara urusan tertentu lainnya sudah ditugaskan Presiden kepada masing-masing menteri sesuai UU Kementerian Negara.
UU tersebut mengatur urusan tertentu selain urusan pengawasan, mengisyaratkan urusan pengawasan merupakan hak prerogatif Presiden dalam sistem pemerintahan presidensial sesuai mandat konstitusi-UUD 1945 sehingga pengaturan sepenuhnya berada pada Presiden.sebagai pemegang kekuasaan pemerintahan.
Independensi APIP terancam bila berada pada pimpinan entitas/organisasi yang tidak peduli pentingnya mewujdkan good governance. Sesuai Pasal 56 PP No 60 tahun 2008, APIP dalam melaksanakan tugasnya harus independen dan obyektif. Internal audit sesuai konsep IIA disebutkan bahwa “Internal auditing is an independent, objective assurance and consulting activity designed to add value and improve an organization’s operations.”
International Professional Practices Framework (IPPF)-IIA menyebut faktor yang mempengaruhi independensi setidaknya berkaitan dengan akses informasi, hubungan pelaporan, pengendalian terhadap lingkup kegiatan internal audit, konten komunikasi audit, pengawasan terhadap internal audit, keterlibatan organ pengurus (Jajaran Pimpinan). Sedangkan faktor yang mendukung independensi setidaknya posisi internal audit dalam Struktur Organisasi, lingkungan yang kondusif–tata Kelola yang baik, audit charter atau mandat internal audit, mekanisme pengangkatan dan kompensasi, Outsourcing.
Walaupun BPKP sudah berbuat sesuatu yang bermanfaat namun dari aspek regulasi Presiden melalui BPKP menghadapi keterbatasan akses untuk melakukan pengawasan terhadap APIP kementerian/lembaga dan pemerintah daerah untuk memastikan keberadaan APIP yang independen, Presiden melalui BPKP tidak memperoleh informasi hasil pengawasan APIP kementerian/lembaga dan Pemerintah Daerah dan yang paling penting pengendalian terhadap urusan pengawasan sebagai kekuasan Presiden belum dibangun dengan sistem pengawasan intern pemerintah yang memadai.
