2. Madrasah diniyah, yaitu sekolah-sekolah yang memberikan pengajaran tambahan bagi murid sekolah negeri yang berusia 7 sampai 20 tahun.
3. Madrasah-madrasah swasta, yaitu pesantren yang dikelola secara modern, yang bersamaan dengan pengajaran agama juga diberikan pelajaran-pelajaran umum.
4. Madrasah ibtidaiyah negeri (MIN) yaitu sekolah dasar negeri enam tahun, di mana perbadingannya kira-kira 1:2.
5. Suatu percobaan baru telah ditambahkan pada madrasah ibtidaiyah negeri (MIN) 6 tahun, dengan menambahkan kursus selama 2 tahun, yang memberikan latihan keterampilan sederhana.
6. Pendidikan teologi agama tertinggi. Pada tingkatan universitas diberikan sejak tahun 1960 pada IAIN. IAIN ini dimulai dengan dua bagian/dua fakultas di Yogyakarta dan dua fakultas di Jakarta.
Pendidikan Islam Era Reformasi (1998)
Pendidikan Islam Era Reformasi menfokuskan pendidikan agama Islam lebih diperhatikan dan disamakan kedudukannya dengan pendidikan umum. Sebagai buktinya adalah dengan diberlakukannya UU No.20 tahun 2003 tentang SISDIKNAS yang mengatur berbagai bidang pendidikan, salah satunya adalah bidang pendidikan agama Islam.
Adapun kebijakan-kebijakan pemerintah dalam menyempurnakan sistem pendidikan Islam sebagai berikut:
1. Mendirikan sekolah-sekolah Agama Islam mulai dari tingkat dasar sampai tingkat perguruan tinggi (MDI/MI, MTs, MA, PTIN, PTAIS atau Al-Jamiah).
2. Membantu meningkatkan mutu pendidikan pondok pesantren dengan usaha memberikan bimbingan ke arah penyempurnaan kurikulum, sarana pendidikan, bantuan/subsidi guru, perpustakaan, keterampilan teknologi dan sebagainya.
3. Program wajib belajar 9 tahun, yaitu setiap anak Indonesia wajib memiliki pendidikan minimal sampai 9 tahun. Program wajib belajar ini bukan hanya berlaku bagi anak-anak yang belajar di lembaga pendidikan yang berada di naungan Kementrian Pendidikan Nasional, melainkan juga anak-anak yang belajar di lembaga pendidikan yang berada di bawah naungan Kementrian Pendidikan Agama.
