Kondisi penyakit ini merupakan bawaan lahir dan belum diketahui sebab pastinya, namun ada dugaan diakibatkan karena adanya kelainan hormonal saat mengandung.
Berikut ini adalah beberapa bentuk kelainan hipospadia yang seering dijumpai pada anak-anak:
1. Hipospadia Tipe glanular: Kelainan lubang kencing dengan Posisi lubang kencing di kepala penis namun tidak pas di ujung.
2. Hipospadia tipe koronal: Kelainan lubang kencing pada leher kepala penis.
3. Hipospadia tipe penil: Kelainan lubang kencing pada bagian batang penis.
4. Hipospadia tipe penoskrotal: Kelainan lubang kencing pada pangkal penis dan kantung kemaluan.
5. Hipospadia tipe skrotal: Kelainan lubang kencing kantung kemaluan.
6. Hipospadia tipe perianal: Kelainan lubang kencing pada daerah antara kantung kemaluan dan anus.
Pada anak baru lahir memang keluhan kasus semacam ini masih tidak begitu menjadi persoalan, masalah biasanya akan timbul saat usia penderita semakin besar.
Untuk kasus cacat bawaan lahir semacam ini operasi adalah jalan utama satu-satunya untuk memperbaiki kondisi saluran kencing anak tersebut, karena penis sebagai salah satu organ paling vital dalam tubuh kita.