Penerimaan peserta didik baru dengan sistem zonasi telah diterapkan dua tahun terakhir. Sistem zonasi mulai diterapkan nasional mulai tahun 2018 lalu. Penerimaan sistem zonasi di tahun 2018 lalu masih menyisakan berbagai permasalahan mulai dari banyaknya calon peserta didik yang memalsukan surat keterangan miskin hingga calon peserta didik harus kehilangan kesempatan untuk bersekolah di sekolah favorit karena terganja peraturan zonasi.
Salah satu contoh kasus SKTM adalah PPDB Jawa tengah tahun 2018 lalu yang ditemukan 78.065 SKTM palsu. Sehingga peserta yang terbukti memalsukan SKTM dicoret dari peserta PPDB 2018. Hingga Gubernur Jawa tengah Ganjar Pranowo juga turut memantau perkara pemalsuan SKTM ini. SKTM dipalsukan karena pada saat itu SKTM seolah surat sakti yang bisa meloloskan peserta didik di dalam zona berapapun nilainya sehingga kesempatan ini dimanfaatkan para orangtua memalsukan SKTM.
Pada penerapan sistem zonasi ini sekolah-sekolah favorit mulai kehilangan peserta didik yang berkualitas. Hal ini kemudian akan lanjut menurunkan kualitas lulusannya. Hal ini wajar mengingat sekolah negeri favorit harus menerima calon peserta didik dengan standar nilai rendah dalam zona. Sekolah negeri favorit tidak bisa menolak peserta didik dengan nilai rendah.
Tantangan lagi bagi sekolah favorit yang berdekatan, mereka harus berebut peserta didik dengan sesama sekolah di dalam zonanya. Karena jika tidak terpenuhi peserta didiknya akan berakibat berkurangnya rombel dan mengancam pemenuhan jam pembelajaran guru di sekolah tersebut. Karena untuk pemenuhan jam harus mengajar minimal 24 jam per minggunya.
Seiring berjalannya waktu kasta sekolah favorit akan berangsur-angsur hilang karena akhirnya sekolah favorit dan non favorit akan memiliki kesempatan yang sama untuk menerima peserta didik. Sekolah non favorit akan mendapatkan peserta didik yang berkulitas dalam zonanya sedangkan sekolah favorit akan menerima peserta didik dengan kualitas menengah ke bawah yang berada dalam zonanya.
Dengan sistem ini akan menguntungkan sekolah non favorit karena akan memperoleh peserta didik yang berkualitas sehingga akan meningkatkan input peserta didiknya. Karena tak dapat dipungkiri kualitas output peserta didik tak lepas dari input peserta didiknya. Dengan input yang baik disertai dengan proses yang baik akan menghasilkan lulusan yang baik pula.
Penerapan sistem zonasi ini baik dilaksanakan untuk pemerataan pendidikan di Indonesia sehingga tidak ada kasta sekolah favorit dan sekolah tidak favorit. Semua sekolah akan mendapatkan kesempatan yang sama untuk memperoleh peserta didik. Karena saat ini seringkali sekolah yang tidak favorit kurang diminati peserta didik dan jumlah rombelnya tidak tercukupi sesuai dengan kuota.
