Pada tahun 1942, Noor Inayat bergabung dengan dinas rahasia tersebut dan kemudian menggunakan nama Nora Baker.Â
Sejak negara Perancis dikuasai blok Poros (Jerman), adanya para gerilyawan yang dibantu oleh pasukan (agen) SOE, Jerman sejatinya tidak pernah berkuasa sepenuhnya di sana.Â
Hal ini disebabkan karena selalu saja ada gangguan dari para gerilyawan, baik langsung maupun tidak langsung. Mereka meledakkan jembatan, merusak sarana publik dan militer, menghancurkan rel kereta, dan membunuh setiap prajurit Nazi yang mereka temui. Dan yang paling berbahaya, SOE juga yang menuntun serangan Inggris sehingga selalu tepat sasaran. Â
Sesuai dengan seruan Perdana Menteri Winston Churchill "biarlah Eropa (yang diduduki Jerman :Hitler) tetap berkobar dan menyala-nyala, sehingga tidak bermanfaat bagi Hitler". Sebuah pernyataan yang juga menjadi motivasi agar Jerman tidak betah di wilayah yang berhasil mereka duduki.
Keberhasilan para agen SOE bersama gerilyawan dalam mengganggu stabilitas jerman di tanah Perancis, menyebabkan Jerman meningkatkan kekuatan Gestapo, atau mata-mata Nazi. Akibatnya, banyak agen SOE yang tertangkap dan dibunuh. Sehingga Inggris pun memerintahkan seluruh agen SOE untuk ditarik kembali ke Inggris.
Termasuk agen Noor Inayat. Beberapa informasi menyatakan bahwa Noor Inayat mendapat perintah untuk meninggalkan Perancis untuk kembali ke Inggris.Â
Tapi informasi ini belakangan mulai diragukan. Mengingat hampir tidak mungkin seorang pejuang seperti Noor Inayat melanggar perintah militer, terlebih itu adalah instruksi langsung dari London. Tempat institusinya bernaung.
Menurut sebuah buku yang ditulis oleh Sarah Helm, yang berjudul "A Life in Secrets: Vera Atkins and the Missing Agents of WWII in Secrets," tidak ada bukti bahwa Noor pernah diperintahkan untuk kembali, dan jika dia telah diinstruksikan demikian, dia akan terpaksa patuh.Â
Namun, menurut Maurice Buckmaster, seorang pimpinan SOE di London, saat itu ia menulis bahwa Noor Inayat sebenarnya diberi kesempatan untuk kembali, tetapi ia memohon untuk tetap di Perancis dan telah diizinkan meskipun konsekuensi yang akan ia hadapi bisa sangat besar. Sebuah tekad yang sangat kuat dan sangat membahayakan keselamatan hidupnya.
Dan demikianlah, Noor Inayat memilih tetap melanjutkan misinya di Perancis dengan terus mengirim pesan radio secara rahasia ke Inggris. Ia pantang menyerah dan berdedikasi sangat tinggi.
Ketika semua temannya berhasil ditangkap, praktis dalam kurun waktu kurang lebih selama tiga bulan, Noor Inayat Khan menjadi satu-satunya agen SOE yang tersisa di Perancis.Â