Lahirnya Era Reformasi 1998: Gerakan Baru Untuk Indonesia

Karena mundurnya Habibie, kemudian MPR memilih Wahid sebagai presiden dan  Megawati menjadi wakil presiden. Pada Masa pemerintahan Abdurrahman Wahid diwarnai denga ngerakan-gerakan separatisme yang makin berkembang di Aceh, Maluku dan Papua.

Selain itu banyak kebijakan-kebijakan yang dibuat oleh Abdurrahman Wahid ditolak baik oleh MPR maupun DPR. Kasus-kasus korupsi tampaknya masih sangat sering terjadi. Bahkan dalam tahun pertamanya Wahid sudah memecat tujuh menteri yang terlibat dalam kasus korupsi. Meskipun begitu ternyata Wahid sendiri dikaitkan dengan dua skandal korupsi yang akhirnya menyebabkan pemakzulannya.

Hingga Pada 29 Januari 2001, ribuan demonstran berkumpul di Gedung MPR dan meminta Wahid mengundurkan diri dengan tuduhan korupsi. Di bawah tekanan yang besar,Abdurrahman Wahid lalu mengumumkan pemindahan kekuasaan kepada wakil presiden Megawati Soekarno putri.

Pada masa pemerintahan Megawati berfokus pada sektor ekonomi. Berbagai kebijakan-kebijakan dibuat untuk mengatasi masalah dan meningkatkan perekonomian Indonesia, yaitu mengakhiri kerjasama dengan International Monetary Fund (IMF) yang memberatkan rakyat, seperti pencabutan subsidi BBM.

Karena keputusan tersebut berhasil membebaskan kebijakan-kebijakan yang merugikan rakyat Indonesia. Megawati Soekarnoputri mampu menurunkan persentase penduduk yang berada di garis kemiskinan dari 28 persen, menjadi 18 persen
Megawati juga melakukan privatisasi Badan Usaha Milik Negara (BUMN) dengan menjual aset negara. Tahun 2002 Megawati menjual Indosat pada Sebagai upaya untuk menutup utang luar negeri dari era Soeharto.

Pada tahun 2003 Megawati melaksanakan persiapan pemilu langsung dimana dalam kebijakannya Megawati membuat rakyat dapat memilih langsung presidennya. Kebijakan lainnya pembubaran Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN) pada 2004 karena bank-bank dinilai sudah dalam kondisi pulih setelah mengalami krisis.

Pada tahun 2003-2004, terjadi Gerakan Aceh Merdeka dimana Aceh berupaya melepaskan diri dari Indonesia. Megawati mengambil langkah darurat militer dalam Gerakan pemberontakan tersebut. pemerintahan Megawati berakhir pada tahun 2004 karena kalah dalam pemilu.