Selain di darat sampah Jakarta juga menimbun di sungkai/kali, danau, waduk dan situ, sekitar 416 ton sampah menimbun per harinya. Jumlah sampah yang terangkut pke TPST Bantargebang di musim kemarau sekitar 180 - 220 ton per harinya, sedangkan di musim hujan sekitar 240 - 280 ton per harinya. Sampah yang masuk ke daerah perairan tersebut 90% dari Saluran Penghubung (PHB) yang berasal dari sampah rumah tangga dan pasar di sekitaran daerah tersebut, sisanya dari alam seperti pohon dan ranting.
DKI Jakarta mempunyai 41 sistem sungai dengan jumlah total 141 sungai. Jumlah PHB sendiri di Jakarta sebanyak 1.085 saluran, yaitu 180 saluran di Jakarta Utara, 513 sakuran di Jakarta Barat, 163 saluran di Jakarta Pusat, 109 saluran di Jakarta Timur dan 120 saluran di jakarta Selatan. Untuk di Jakarta jumlah danau, waduk dan situ sebanyak 76, yaitu 15 waduk di Jakarta Utara, 12 waduk di Jakarta Barat, 3 waduk di Jakarta Pusat, 30 waduk di Jakarta Timur, 16 waduk di Jakarta Selatan.
Sedangkan untuk pengangkutan sampah dari sungai/kali, danau dan situ, Dinas Kebersihan Pemprov DKI Jakarta mengerahkan 39 unit truk sampah yang kemudian dikumpulkan di TPSS untuk diangkut menggunakan truk tronton sebanyak lima unit ke TPST bantargebang dengan sistem sewa.
TPSS sendiri di Jakarta terdapat empat lokasi, yaitu Kali Angke (Pesing), Spillway Pluit, Pintu Air Manggarai, dan Kali Sunter (Perintis Kemerdekaan). Penanganan sampah sungai/kali, danau, waduk, dan situ di Jakarta dibagi dalam tiga sistem aliran, yaitu:
1.Wilayah Barat terdiri atas 11 sistem sungai, sungai dengan lebar kurang dari 4 m sebanyak 2 sungai dan sungai dg lebar  lebih atau sama dengan 4 m sebanyak 22 sungai
- Panjang: 91.750 m
- Lebar: 452,8 m
- Luas: 1.613.238 m2
2.Wilayah Tengah terdiri atas 18 sistem sungai, sungai dengan lebar kurang dari 4 m sebanyak 13 sungai dan sungai dg lebar  lebih atau sama dengan 4 m sebanyak 45 sungai
- Panjang: 159.155 m
- Lebar: 884,7 m
- Luas: 2.742.457,5 m2
3.Wilayah Timur terdiri atas 12 sistem sungai, sungai dengan lebar kurang dari 4 m sebanyak 8 sungai dan sungai dg lebar  lebih atau sama dengan 4 m sebanyak 51 sungai
- Panjang: 162.185 m
- Lebar: 632,35 m
- Luas: 2.281.155 m2
Jika disimpulkan total luas lahan pembersihan sampah seluas 663,59 Ha.
Dinas Kebersihan Jakarta pun mengalami beberapa masalah dalam penanganan sampah di sungai/kali, danau, waduk dan situ, yaitu:
1.Sebagian besar warga masyarakat masih belum sadar untuk tidak membuang sampah di sungai/waduk.
2.Banyak jembatan dengan konstruksi penyangga yang rendah sehingga harus diperbaiki supaya tidak menghambat aliran sungai untuk memudahkan perawatan.