Membahas Islam Nusantara yaitu kata "Nusantara" yang dikawinkan dengan kata "Islam" bukan hanya menegaskan nama, melainkan juga karakter untuk menunjukkan corak atau warna dari sebuah entitas yang beraneka macam. Keragaman sebagai salah satu tipologi Islam Nusantara adalah buah dari pergumulan panjang antara agama dan budaya; antara teks dengan konteks yang saling melengkapi satu sama lain sehingga menelurkan Islam yang ramah, inklusif dan fleksibel
Islam adalah agama rahmatan lil 'alamiin yang bersifat universal. Artinya, misi dan ajaran Islam tidak hanya ditujukan kepada satu kelompok atau negara, melainkan seluruh umat manusia, bahkan jagat raya, seperti yang telah dijelaskan dalam al-Qur'an shurah al-Anbiya ayat 107, yang artinya: "Dan tiadalah kami mengutus kamu, melainkan untuk (menjadi) rahmat bagi semesta alam." Itu berarti islam bersifat universal ini telah dimanifestasikan dalam ajarannya, yang mencakup hukum agama (fiqh), kepercayaan (tauhid), serta etika (akhlak).
Pertama-tama dalam memahami Islam Nusantara, harus meyakini ada dimensi keagamaan dan budaya yang saling berhubungan satu sama lain. Dimensi ini adalah suatu cara Islam berkompromi dengan batas wilayah teritorial yang memiliki akar budaya tertentu. Hal ini mengakibatkan Islam sepenuh-penuhnya tidak lagi menampilkan diri secara kaku dan tertutup, namun menghargai keberlainan. Islam dengan begitu sangat mengakomodir nilai-nilai yang sudah terkandung dalam suatu wilayah tertentu. Dan juga islam adalah agama yang bersifat universal dimana tidak memandang ras, status sosial, wilayah, dan kebangsaan.
Kemudian dalam Islam Nusantara, budaya merupakan bagian dari agama karena awal mula islam dapat diterima di Indonesia salah satunya melalui alkuturasi budaya, sehingga agama islam terkesan merakyat dengan masyarakat Indonesia seperti salah satu contoh nya melalui kesenian wayang. Akan tetapi dalam proses Islam Nusantara pembauran islam dengan budaya tidak boleh terjadi, karena berbaur berarti hilangnya sifat-sifat asli. Islam harus tetap pada sifat islamnya.
Dapat disadari bahwa penyesuaian ajaran islam dengan kenyataan hidup hanya dapat diperkenankan selama menyangkut sisi budaya. Karena adanya prinsip-prinsip keras dalam hukum islam, maka adat tidak bisa merubah nash itu sendiri melainkan hanya mengubah atau mengembangkan pengaplikasiannya saja dan memang aplikasi tersebut akan berubah dengan sendirinya.
Islam dan budaya memiliki wilayahnya sendiri-sendiri tetapi pada saat yang sama berhubungan secara tumpang tindih. Islam merupakan aturan ketuhanan "dari langit", islam tentu bukan kebudayaan karena ia bukan kreasi manusia. Demikian pula kebudayaan yang merupakan kreasi dan ranah kehidupan manusia. Tentu juga ia bukan agama dan tidak bisa ditempatkan sebagai agama.Â
Namun, independensi masing-masing  agama dan budaya ini tidak menutup kemungkinan bagi manifestasi kehidupan beragama dalam bentuk budaya. Artinya, agama sebagai aturan normative tentu bukan budaya. Tetapi pelaksanaan dan pengamalannya, dalam arti, penerapan aturan ke dalam realitas, tentu membutuhkan kebudayaaan. Mengapa?karena penerapan aturan agama ke dalam realitas itu sendiri merupakan proses kebudayaan sebab agama telah berhubungan dengan realitas kehidupan.
Agama pada titik ini telah menjadi dari budi (keagamaan) yang digunakan manusia muslim untuk mengolah dirinya dan mengolah kehidupan. Dengan demikian , hubungan agama dan budaya tidak perlu meregang sebab keduanya merupakan ranah praksis dari kehidupan itu sendiri.Â
Dari penjabaran diatas Islam Nusantara merupakan hubungan islam dengan kebudayaan yang ada di Nusantara. Karena islam adalah agama universal islam menyadari dan menghargai identitas budaya yang terjaga dalam tradisi, adat, kesenian, dan gaya arsitektur tempat ibadah masyarakat Nusantara. Islam akhirnya memanifestasikan ajarannya melalui "bentuk-bentuk kultural" Nusantara. Dengan cara seperti ini, islam akhirnya menciptakan identitas kultural tertentu.
"Keragaman adalah keniscayaan akan hukum Tuhan atas alam ciptaan-Nya." - Gus Dur
sumber buku: Humanisme Gus Dur ; Pergumulan Islam dan Kemanusiaan