Mahkamah Agung memiliki lembaga peradilan agama.  Ini dinyatakan dalam Pasal 24 Ayat 2 UUD Negara Republik Indonesia tahun 1945.Peradilan Agama berada di posisi yang sama dengan Peradilan Negeri (umum), Peradilan Tata Usaha Negara (PTUN), dan Peradilan Militer. Secara  khusus  dalam  UU  No.  3 tahun 2006 Pasal  49 telah  memberikan kewenangan  peradilan  agama  untuk  menyelenggerakan  penegakan  hukum  dalam bidang  produk  hukum  Islam. Di  antara  produk  hukum  Islam  yang  dapat diselesaikan di peradilan  agama adalah  persoalan  warisan,  wasiat  dan  hibah. Dalam  UU  No.  3 tahun 2006  telah  memberikan  kewenangan  baru  peradilan agama  berupa  sengketa  ekonomi syariah.  Namun  yang  paling  penting  dalamdinamika  hukum  waris,  terjadi  perubahan signifikan terhadap  penyelesaian sengketa waris.
Sebagaimana ditunjukkan oleh UU Peradilan Agama sebelumnya, UU No.7 tahun 1989, memberikan kebebasan untuk memilih hukum yang akan digunakan dalam penyelesaian kasus waris, tetapi UU No. 3 tahun 2006 menghapus penjelasan ini.Hal ini menunjukkan bahwa dinamika perubahan undang-undang mengenai peradilan agama telah sangat membantu umat Islam. Â Jadi, masalah waris bagi umat Islam harus diselesaikan di peradilan agama, baik itu permohonan pembagian warisan maupun perselisihan waris.
Peradilan  agama  di  Indonesia telah tumbuh  dan  berkembang  seirama denganpertumbuhan  serta  perkembangan  masyarakat  Islam  dan  hukum  Islam  di Indonesia.  Puncak  perkembangan  peradilan  agama terlihat  di era  terbentuknya kerajaan-kerajaan  Islam  di  bumi nusantara.  Setelah  kekuasaan  pemerintah Belanda menancapkan kakinya di bumi nusantara, keberadaan peradilan agama di Indonesia  menurun  seirama  dengan  perkembangan  politik  hukum  pemerintah kolonial  sebelum  abad  ke-20  (dua  puluh).
Pengadilan Agama di Indonesia memiliki peran penting dalam menyelesaikan sengketa dan masalah hukum bagi masyarakat Muslim yang berkaitan dengan hukum pernikahan, keluarga, dan warisan. Berikut adalah beberapa cara di mana pengadilan agama membantu masyarakat Muslim Indonesia dalam menyelesaikan masalah warisan:
Penyediaan Sarana Hukum: Pengadilan Agama menyediakan forum resmi untuk menyelesaikan sengketa warisan. Masyarakat dapat mengajukan gugatan atau meminta pertimbangan hukum terkait permasalahan warisan di pengadilan ini.
Penerapan Hukum Islam: Pengadilan Agama mendasarkan keputusan hukumnya pada hukum Islam atau syariah, sesuai dengan prinsip-prinsip hukum Islam yang berlaku bagi masyarakat Muslim. Hal ini memungkinkan pengadilan untuk memberikan keputusan yang sesuai dengan keyakinan dan nilai-nilai agama Islam.
Pendampingan dan Bimbingan Hukum: Pengadilan Agama menyediakan layanan pendampingan dan bimbingan hukum kepada masyarakat yang membutuhkannya. Hal ini membantu masyarakat dalam memahami hak dan kewajiban mereka terkait warisan, serta prosedur hukum yang harus diikuti.
Mediasi dan Konsiliasi: Pengadilan Agama juga dapat memfasilitasi proses mediasi atau konsiliasi antara pihak-pihak yang terlibat dalam sengketa warisan. Pendekatan ini bertujuan untuk mencari solusi damai dan saling menguntungkan tanpa melalui persidangan formal.
Penegakan Putusan Hukum: Setelah mengeluarkan keputusan, pengadilan agama memiliki kewenangan untuk menegakkan putusan hukumnya. Ini berarti bahwa keputusan pengadilan harus dihormati dan dilaksanakan oleh pihak-pihak yang terlibat.
Perlindungan Hak Perempuan dan Anak: Pengadilan Agama juga memegang peran penting dalam melindungi hak perempuan dan anak dalam konteks warisan. Mereka berupaya untuk memastikan bahwa hak-hak mereka diakui dan dihormati sesuai dengan prinsip-prinsip hukum Islam.
Memberikan Kepastian Hukum: Dengan adanya pengadilan agama, masyarakat memiliki jaminan bahwa masalah hukum terkait warisan akan diselesaikan secara adil dan transparan sesuai dengan prinsip-prinsip hukum Islam.
