3. Dan kamu bukan penyembah Tuhan yang aku sembah.
4. Dan aku tidak pernah menjadi penyembah apa yang kamu sembah,
5. dan kamu tidak pernah (pula) menjadi penyembah Tuhan yang aku sembah.
6. Untukmu agamamu, dan untukkulah, agamaku". [Al-Qur'an surat al-Kafirun [109] : 1-6]
Secara singkat, ayat di atas menjelaskan bahwa Tuhan yang disembah oleh Nabi Muhammad Sallallahu 'alaihi wa sallam dan umatnya (Muslim) tidak sama dengan Tuhan yang disembah oleh non Muslim, namun Nabi Muhammad Sallallahu 'alaihi wa sallam dan umatnya (Muslim) tidak akan menyembah apa yang disembah oleh non Muslim, begitu pun Islam tidak akan memaksa orang Non Muslim untuk menyembah Tuhan yang disembah oleh orang Islam.
Apabila difahami secara harfiah, ayat di atas ada yang memahami bahwa Islam tidak mengenal toleransi dalam keimanan dan peribadatan. Artinya toleransi tidak berlaku apabila menyangkut aqidah dan syari'ah, sebuah keyakina dan ritual ibadah tidak bisa dicampur adukkan dengan keyakinan dan peribadatan non Muslim. Namun demikian ayat ini menegaskan harus adanya sikap saling menghormati dan menghargai ketika orang Islam atau orang Non Islam sedang melaksanakan ritual dalam rangka menjalankan peribadatan masing-masing. Di situlah letak hakikat toleransi dalam Islam, saling menghargai, menghormati dan menjaga ibadah masing-masing dalam rangka mendekatkan diri dengan Tuhannya.
Untuk lebih jauh memahami toleransi dalam Islam, Islam harus dipahami secara menyeluruh, Islam dengan aturan yang lengkap meliputi berbagai segi kehidupan artinya memberikan ketentraman hukum bagi setiap aspek kehidupan manusia. Apabila dikaji secara luas, di dalam Islam terdapat ajaran-ajaran bagaimana cara bernegara, berbangsa, menjalankan pemerintahan serta hidup bermasyarakat. Hal tersebut bisa kita buktikan bahwa negara Indonesia terbentuk kebanyakan dari pemikir-pemikir Muslim.
Di dalam Islam dikenal adanya ; moral dan kekuasaan, rahmat dan keadilan, peradaban dan undang-undang, ilmu pengetahuan dan hukum, kekayaan materi atau kerja dan harta, jihad dan da'wah atau aktualisasi dan konsep. Dengan mempelajari itu semua, maka akan melahirkan aqidah / keyakinan yang kuat dan ibadah yang shalih. Dimana satu sama lain saling melengkapi dan mengakui kesamaan derajat manusia. Di sinilah letak toleransi yang sesungguhnya, toleransi yang lahir dari Islam yang memiliki sifat universal, karena Islam diturunkan untuk semua manusia, sebagaimana Firman Allah Subhanau Wa Ta'ala di dalam Al-Qur'an surat Saba [34] ayat 28 :
وَمَآ أَرۡسَلۡنَٰكَ إِلَّا كَآفَّةٗ لِّلنَّاسِ بَشِيرٗا وَنَذِيرٗا وَلَٰكِنَّ أَكۡثَرَ ٱلنَّاسِ لَا يَعۡلَمُونَ
Artinya : Dan Kami tidak mengutus kamu, melainkan kepada umat manusia seluruhnya sebagai pembawa berita gembira dan sebagai pemberi peringatan, tetapi kebanyakan manusia tiada mengetahui. [Al-Qur'an surat Saba [34] : 28]
Melalui toleransi dalam Islam, tiada lain tujuannya adalah untuk menghadirkan ketentraman dunia dalam menjalankan kehidupan secara berdampingan antar sesama makhluk hidup, bukan hanya dengan manusia. Hal tersebut telah dijelaskan bahwa islam merupakan agama yang membawa ketentraman. Allah Subhanau Wa Ta'ala di dalam Al-Qur'an surat al-'Anam [6] ayat 38 :
