Pada 2018 itu juga ia dipromosikan menjadi Kepala Divisi Profesi dan Pengamanan (Kadiv Propam) Polri. Lalu, pada Desember 2019 dipercaya sebagai Kepala Bareskrim Polri menggantikan  Jenderal Idham Azis yang diangkat menjadi Kapolri menggantikan Jenderal (Purn) Tito Karnavian yang diangkat Presiden Jokowi sebagai Menteri Dalam Negeri.
Sekarang, saat Listyo Sigit Prabowo dicalonkan sebagai Kapolri oleh Presiden Jokowi, lagi-lagi ada beberapa petinggi MUI khususnya generasi tua "konservatif" menolak dengan alasan yang sama: karena agama Listyo.
Melihat dari aspek tupoksi MUI saja sangat aneh dan tidak pada tempatnya MUI ikut-ikutan "mengurus" tentang calon Kapolri, seolah-olah mau mengeluarkan fatwa bahwa Kapolri nonMuslim adalah haram. Padahal memilih dan mengangkat seorang Kapolri sepenuhnya merupakan urusan ketatanegaraan, merupakan hak prerogatif Presiden (dengan persetujuan DPR), sesuai dengan Undang-Undang Nomor 2 tahun 2002 tentang Kepolisian Negara Republik Indonesia.
Di dalam Undang-Undang Polri tersebut agama bukan syarat untuk menjadi Kapolri, hal tersebut sangat wajar karena institusi Polri adalah alat negara untuk menjaga keamanan dan ketertiban masyarakat (Kamtibmas) secara nasional, bukan lembaga agama atau lembaga dakwah.
Perpektif tersebut  bukan perpektif kebangsaan. Bertentangan dengan realitas kehidupan berbangsa dan bernegara yang berdasarkan Pancasila dan UUD 1945.
Anwar Abbas mengatakan, Presiden Jokowi dalam memilih calon Kapolri hendaknya tidak hanya dengan pertimbangan kedekatan, loyalitas dan profesionalitas saja, tapi harus lebih luas dari itu yaitu, mana yang lebih besar maslahat dan manfaatnya bagi bangsa dan negara.
Hal tersebut sesungguhnya yang telah dilakukan oleh Jokowi dalam pertimbangannya sampai dengan memutuskan siapa calon Kapolri yang tepat itu, sebaliknya penolakan yang dilakukan oleh MUI tersebut justru mempersempitkannya, yaitu secara eksklusif lebih kepada kepentingan golongan mereka sendiri yang intoleran. Karena tidak suka dengan calon Kapolri yang bukan agama Islam, maka mereka menolak Listyo. Padahal tidak ada korelasi antara jabatan Kapolri dengan agama apa yang dianutnya.
Syarat untuk menjadi Kapolri diatur dengan Undang-Undang Nomor 2 Tahun 2002 tentang Kepolisian Negara Republik Indonesia, tak ada syarat harus beragama Islam di dalam Undang-Undang tersebut.
Mengenai tuduhan kepada Pemerintahan Jokowi yang memusuhi umat Islam dan mengkriminalisasi ulama, dan memusuhi umat islam
Apakah menurut Anwar Abbas (MUI) anggapan tersebut benar?
Jika menurut Anwar Abbas (MUI) Â anggapan tersebut salah -- dan memang sangat salah, -- adalah seharusnya mereka memberi edukasi kepada sebagian umat Islam itu bahwa anggapan itu sangat keliru. Bukan malah terkesan mengakomodirnya, membiarkan ketidakbenaran tersebut seperti api dalam sekam, dan bahkan terkesan memanfaatkan sebagai pembenaran sikap intoleran mereka.
