Sebagaimana dikutip dari detik.com, Alissa menuturkan, ketika itu kubu Muhaimin pernah meminta dia menjembati islah antara Muhaimin dengan Gus Dur.
Alissa menyaksikan sendiri bagaimana sikap Gus Dur terhadap Muhaimin, ketika Muhaimin bersama istrinya, Rustini, Â datang ke rumah Gus Dur di Ciganjur, Gus Dur sama sekali tidak menganggap Muhaimin. Semua upaya Muhaimin mengajak berbicara dengan Gus Dur, tidak pernah ditanggapi sama sekali. Gus Dur hanya melayani percakapan dengan Rustini.
Gus Dur juga secara terang-terangan menolak kedatangan Lukman Eddy ke Ciganjur. Lukman Eddy adalah Sekjen PKB versi kepemimpinan Cak Imin. "Sebagai orang yang blak-blakan, (saya) mengingat bagaimana Gus Dur bersikap bahkan kepada 'musuh-musuh' politiknya, respons Bapak saat itu amat sangat jelas: tidak suka bertemu dengan mereka," demikian tulisan Alissa .
Pada 2008, saat proses hukum perselisihan antara PKB Muhaimin melawan PKB Gus Dur sedang bergulir di pengadilan, (mungkin karena sakit hatinya), Gus Dur terjatuh di kamar mandi, ternyata ia menderita stroke ringan.
Gus Dur sangat kecewa dengan pernyataan orang-orang PKB versi Muhaimin di sidang Pengadilan Tata Usaha Negara yang menyatakan lebih senang Gus Dur tidak di PKB. "Orang-orang ini saya yang bawa masuk politik, kok tega, ya, mereka ngomongbegitu tentang saya, Man," ucap Gus Dur kepada Sulaiman, ajudannya.
Puncaknya adalah ketika Mahkamah Agung menyatakan gugatan PKB Gus Dur ditolak dan menyatakan PKB yang sah adalah hasil Muktamar Semarang dengan Ketua Umum Muhaimin Iskandar, dan Gus Dur sebagai Ketua Dewan Syuro. Muhaimin tetap berkantor di Menteng, tidak lagi di DPP PKB Kalibata, tempat biasa Gus Dur ngantor. Kondisi kesehatan Gus Dur pada 2009 itu makin buruk.
Gus Dur sampai mengumpulkan amplop-amplop bela rasa dan urunan biaya perawatan. Uang yang disimpan di laci kantor PBNU itu hendak digunakan Gus Dur untuk menggelar lagi muktamar PKB.
"Bapak sedang mengumpulkan uang untuk muktamar PKB, Nak. Imin nggak bisa dibiarkan terus-menerus," ucap Gus Dur seperti ditirukan Alissa. Gus Dur juga beberapa kali bercerita, PKB tak boleh dipegang Cak Imin.
Karena itu, Alissa pun meminta Muhaimin tidak mengait-ngaitkan PKB versinya dengan Gus Dur. Tidak diperkenankan pula memakai simbol-simbol Gus Dur untuk kepentingan menarik suara dan kekuasaan.
"Hanya ingin mendapatkan dukungan dari pencinta Gus Dur, tega sekali orang-orang ini menyebarkan narasi yang justru menghina karakter Gus Dur. Tega sekali menjual nama Gus Dur sedemikian rupa hanya untuk kepentingan sesaat, yang tentu saja tidak bisa dibawa mati," kata Alissa
Sejak terjatuh di kamar mandi, dinyatakan menderita stroke ringan, penyakit Gus Dur kian parah, sampai terpaksa dirawat di rumah sakit, sampai akhirnya meninggal dunia pada 30 Desember 2009.
