Lokasi Museum Surabaya berada di Lantai Dasar Gedung SIOLA, sebuah gedung cagar budaya, yang berada di pojok jalan antara Jalan Genteng Kali (gedung bagian samping) dengan Jalan Tunjungan (gedung bagian depan), dan hanya berjarak beberapa ratus meter dari gedung bersejarah lainnya: Hotel Majapahit.
Hotel Majapahit adalah hotel yang di zaman penjajahan Belanda bernama Oranje Hotel, dan di zaman pendudukan Jepang bernama Hotel Yamato.
Hotel ini menjadi hotel bersejarah, ketika pada 20 September 1945 massa rakyat, arek-arek Suroboyo,mendatangi hotel tersebut untuk melakukan protes kepada opsir-opsir sekutu dan Belanda dari AFNEI (Allied Forces Netherlands East Indies) yang menempati hotel tersebut dengan mengibar bendera Belanda: Merah-Putih-Biru.
Massa rakyat menuntut bendera Belanda itu segera diturunkan, diganti dengan bendera Merah-Putih, karena Indonesia sudah merdeka, dan di seluruh Surabaya sedang berkibar Merah-Putih.
Karena tuntutan tak dipenuhi, terjadilah kericuhan, yang menewaskan seorang opsir Belanda dan seorang pejuang, massa rakyat pun menerobos masuk hotel, beberapa orang di antaranya lalu naik ke atap hotel, menurunkan bendera Belanda, menyobek warna birunya, lalu mengibarkannya kembali sebagai bendera Merah-Putih.
Sejarah Gedung SIOLA berawal dari tahun 1877 ketika gedung itu untuk pertama kalinya dibangun oleh investor berkebangsaan Inggris bernama Robert Laidlaw (1856-1935), pemilik Whiteaway Laidlaw & Co., salah satu perusahaan ritel terbesar di dunia ketika itu (sekarang, kira-kira seperti Carreefour sekarang). Di gedung yang baru dibangun itu ia membuka pusat perkulakan dengan nama: “Het Engelsche Warenhuis,” Toko Serba Ada Inggris.
Saat Jepang masuk, Gedung tersebut diambil-alih oleh pengusaha dari Jepang, dan mengganti namanya menjadi Toko Chiyoda. Toko Chiyoda adalah toko kopor dan tas terbesar di Surabaya. Tas dan kopor Chiyoda sangat populer, sehingga banyak orang ikut-ikutan membuka toko tas dan kopor di sekitar toko itu.
Pengaruh Chiyoda masih ada sampai sekarang, yaitu di Jalan Gemblongan yang bersambungan lurus dengan Jalan Tunjungan, dan Jalan Praban yang simpangan dengan Jalan Tunjungan, masih ada toko-toko yang menjual tas dan kopor.
Masa jaya Chiyoda tak lama, setelah Jepang menyerah kalah kepada sekutu, Toko Chiyoda ditutup. Pemiliknya kembali ke Jepang. Gedung itu menjadi kosong.
