Secara umum diketahui bahwa dampak perubahan iklim pada pertanian mencakup perubahan kadar CO 2 , ozon, dan UV-B yang dapat memodifikasi penyakit tanaman dengan mengubah fisiologi inang dan ketahanan. Secara khusus, perubahan iklim mencakup perubahan pola curah hujan, kekeringan, banjir, dan suhu yang dapat memengaruhi epidemiologi penyakit dan/atau memodifikasi penggunaan lahan saat ini untuk tanaman pangan, yang menghasilkan kompleks penyakit patogen baru.
Menurut Konsorsium Dunia tentang Perubahan Iklim (IPCC), dalam beberapa tahun mendatang, perubahan iklim terutama akan memengaruhi daerah tropis dan subtropis, tempat curah hujan akan berkurang di dataran rendah dan meningkat di dataran tinggi. Meskipun dampak perubahan iklim akan bervariasi dari satu wilayah ke wilayah lain, menurut skenario yang diprediksi untuk wilayah tempat kakao diproduksi, suhu yang lebih tinggi, kekeringan yang lebih lama, dan badai yang semakin sering dan kuat diprediksi akan memperburuk tantangan saat ini yang dihadapi oleh sistem produksi pertanian.
Perubahan ekstrem dapat membentuk tanaman dan akhirnya hasil panen kakao. Dalam tinjauan yang sangat menarik, Lahive, dkk (2021) melalukan penelitian terkini tentang respons fisiologis kakao terhadap perubahan iklim. Meminimalisir perubahan pada mikobiota kakao merupakan langka utama mempertahankan produksi karena ada kemungkinan bahwa interaksi baru dari jamur dapat mempengaruhi rantai produksi kakao dan kualitas produk akhir.
 Variasi suhu atau curah hujan yang berubah dapat mengakibatkan perubahan pada patogen kakao yang mengubah kejadian dan tingkat keparahan penyakit. Velsquez dkk (2022) menyatakan bahwa perubahan iklim dapat (i) mengubah tahap dan laju perkembangan patogen dan hama; (ii) mempercepat evolusi patogen; (iii) mengurangi masa inkubasi; (iv) memfasilitasi pengenalan spesies asing invasif, pembentukan dan penyebarannya; (v) mengubah fisiologi interaksi inang-patogen/hama; (vi) menghasilkan perubahan dalam distribusi geografis patogen dan hama; dan (vii) mempengaruhi produksi dan akibatnya variabel sosial ekonomi. Bucker Moraes dkk.,  menggarisbawahi bahwa perubahan dapat menyebabkan risiko yang signifikan pada peningkatan moniliasis yang disebabkan oleh M. roreri karena literatur menunjukkan korelasi antara perkecambahan spora jamur penyakit dan curah hujan, yang merupakan satu-satunya metode untuk menginfeksi tanaman lain.
Selain itu, wilayah penanaman kakao yang sangat produktif sangat dipengaruhi oleh pergeseran rezim iklim selama siklus El Nio (ENSO)--La Nia (LN), yang dapat mendukung infeksi patogen jamur pada siklus produktif dan vegetatif pohon kakao. Terbukti, ENSO bertanggung jawab atas kehilangan produksi biji kakao karena meningkatnya peningkatan jamur M. perniciosa dalam lima tahun terakhir. Dalam konteks ini, Gateau-Rey melaporkan peningkatan kehilangan produksi biji kakao dari tahun 2015 (15%) hingga tahun 2017 (35%) selama kekeringan.
Para peneliti menyatakan bahwa stres kekeringan bermanfaat bagi patogen jamur oportunistik yang mungkin tidak berdampak pada tanaman inang. Menurut Kubiak (2022), perubahan iklim dan pemanasan global bukan satu-satunya faktor yang membuat akar pohon yang lemah rentan terhadap infeksi Armillaria , tetapi juga bakteri dan jamur, serta makro, meso, dan mikroorganisme yang tumbuh di tanah sekitar sistem akar, dapat meningkatkan proliferasi patogen dan mengurangi penghalang imun di akar.
Perubahan iklim memodifikasi distribusi jamur fitopatogen, sulit untuk menghitung semua efek juga karena ada kekurangan informasi yang lengkap tentang adaptasi inang dan patogen terhadap perubahan iklim dan model prediktif yang akurat masih belum ada untuk banyak penyakit. Akibatnya, evaluasi kemungkinan dampak perubahan iklim pada rantai produksi kakao harus diperlakukan dengan perhatian.
Secara khusus, ada laporan terbatas tentang efek perubahan iklim pada patologi jamur kakao, meskipun studi pemodelan telah memberikan skenario realistis pada beberapa penyakit tanaman. Misalnya, Ortega Andrade (2021) dengan menggunakan model distribusi spesies (SDM) dengan sembilan belas variabel iklim untuk saat ini dan masa depan (5, 35, dan 65 tahun), menganalisis dampak perubahan iklim pada distribusi potensial M. roreri dan T. cacao di Amerika Selatan.
Hasil penelitian mereka menunjukkan bahwa curah hujan selama bulan terbasah adalah variabel yang paling berpengaruh terhadap keberadaan dan perkembangbiakan M. roreri dan mereka memperkirakan bahwa jamur fitopatogen ini dapat meluas dari Ekuador selatan ke wilayah yang saling terhubung oleh tanaman kakao di Amerika Selatan (Kolombia, Venezuela, Peru, Bolivia, dan Brasil Barat). Di sisi lain, de Oliveira (2021) menunjukkan bahwa komunitas jamur di tanah padang rumput tropis memiliki kepekaan yang lebih besar terhadap kekeringan daripada terhadap suhu, yang dapat meningkatkan kejadian penyakit tular tanah tertentu.
Kemampuan endofit jamur untuk memberikan toleransi stres pada tanaman dapat memberikan strategi baru untuk mengurangi dampak perubahan iklim global pada komunitas tanaman pertanian. Tidak ada penelitian tentang dampak yang dapat ditimbulkan oleh CC terhadap jamur mikoriza kakao. Akan tetapi, Bae et al., menunjukkan bahwa T. hamatum meningkatkan toleransi terhadap kelangkaan air pada bibit kakao yang dikolonisasi oleh jamur endofit ini. Baru-baru ini, Bennett dan Classen yang meneliti respons jamur mikoriza dan tanaman terkait, menemukan bahwa peningkatan toleransi stres oleh jamur mikoriza seharusnya memberikan ruang temporal bagi adaptasi tanaman terhadap perubahan iklim. Di sisi lain, Kivlin et al, menyatakan bahwa endofit daun juga merespons perubahan global dan meningkatkan dampak kekeringan pada tanaman inangnya.
Meskipun tidak ada informasi yang tersedia tentang dampak perubahan iklim pada fermentasi kakao, penting untuk menyoroti bahwa perubahan suhu memengaruhi semua mikrobiota yang terkait dengan fermentasi (ragi, bakteri, dan jamur berfilamen), yang mendominasi dalam biji kakao saat mereka mengalami perubahan fisik dan kimia yang berkelanjutan. Berbicara tentang jamur berfilamen, mereka biasanya dalam jumlah rendah selama fermentasi karena kondisi terbatas seperti produksi etanol dan asam organik dan suhu tinggi yang dapat meningkat di atas 45 C setelah 48 jam.
