Respon Gen & Protein Sawit Terhadap Ganoderma

Sejumlah penelitian telah mengungkap gen-gen terkait pertahanan yang terlibat dalam infeksi G. boninense pada kelapa sawit. Beberapa gen yang terkait dengan mekanisme pertahanan kelapa sawit ditemukan oleh Tee et al. (2013) , termasuk gen-gen yang terkait dengan sintesis fitoaleksin dan gen-gen yang terkait dengan transduksi sinyal tanaman. 

Ketika kelapa sawit terinfeksi oleh G. boninense , gen-gen ini mengalami peningkatan regulasi untuk memperkuat mekanisme pertahanan atau penurunan regulasi untuk melemahkannya. Ho et al. (2016) memeriksa transkriptom bibit kelapa sawit yang telah terinfeksi dan yang tidak terinfeksi untuk menyimpulkan reaksi molekuler akar kelapa sawit terhadap infeksi G. boninense . Spesies oksigen reaktif (ROS) seperti hidrogen peroksida, yang berperan dalam oksidasi lipid dan lignifikasi sel-sel tanaman serta bertindak sebagai molekul pemberi sinyal di dalam tanaman, diproduksi ketika enzim-enzim seperti kitinase dan glukanase mengalami peningkatan regulasi ( Ho et al., 2016 ).

Bahari dkk. (2018) mendeteksi urutan gen yang meningkat dan menurun terkait dengan perubahan dari fase biotropik ke fase nekrotropik G. boninense dalam penelitian transkriptom lainnya. Penghasil ROS, faktor transkripsi EgERF113 dan EgMYC2, gen terkait pertahanan (protein terkait patogenesis, inhibitor protease, dan kitinase), dan gen terkait pertahanan semuanya meningkat secara berbeda (peroksidase dan NADPH oksidase).

Dalam penelitian lain, pada infeksi G. boninense , regulasi sejumlah gen kelapa sawit berubah. Kinase dan protein mirip reseptor (RLK dan RLP), yang penting dalam mengenali patogen, diproduksi secara ekstensif selama tahap awal infeksi ( Rosli et al., 2018 ).

Pada tahun 2021, melalui pustaka transkriptomik RNA-sequencing (RNA-seq) akar kelapa sawit yang terinfeksi G. boninense , tujuh gen yang diekspresikan secara diferensial (DEG) telah terdeteksi. Ketujuh DEG ini adalah antosianidin sintase, mirip kalkon sintase, mirip faktor transkripsi 1B, mirip leukoantosianidin reduktase, mirip lektin spesifik mannosa, protein terkait penuaan, dan protein mirip thaumatin. Selama infeksi G. boninense , bibit dan tanaman dewasa secara konsisten menunjukkan peningkatan tujuh DEG terkait pertahanan. Ketujuh gen ini dapat dikembangkan menjadi biomarker untuk deteksi dini BSR pada kelapa sawit ( Mohd Zuhar et al., 2021 ).

Gen Sawit diurutkan berdasarkan ukuran, yang sesuai dengan 16 kelompok tautan yang diidentifikasi oleh pemetaan genetik. Jejak yang ditampilkan adalah: a , kepadatan gen; b , kepadatan bacaan yang difilter metil; c , kepadatan retroelemen; d , pengulangan sekuens sederhana; e , elemen berulang dengan jumlah salinan rendah, termasuk pengulangan telomer TTTAGGG (hijau), 5S rRNA (oranye), dan pengulangan perisentromerik (ungu); f , konten GC regional (kisaran 0,3--0,45); g , perancah yang dipetakan secara genetik dari bangunan P5; dan h , duplikasi segmental. Kepadatan untuk pengulangan telomer diperbesar untuk kejelasan visual.E. guineensis memiliki 16 pasangan kromosom Sumber: Nature (2013)